Parafia Matki Bożej Fatimskiej we Włocławku stanowi wotum diecezji za nawiedzenie w 1996 r. jej parafii przez Maryję w znaku fatimskiej figury. Działalność duszpasterska prowadzona jest zgodnie z charyzmatem Zgromadzenia Braci Pocieszycieli z Getsemani.
13 maja 1998 r., podczas odpustu ku czci Patronki parafii, bp Roman Andrzejewski, w obecności duchowieństwa i wiernych, poświęcił sprowadzoną z Fatimy figurę Matki Bożej, którą wspólnota otrzymała za pośrednictwem ks. Teodora Puszcza TChr. Nabożeństwa fatimskie odbywają się w pierwsze soboty miesiąca (w godz. 14.30-17); kończą się procesją z figurą Fatimskiej Pani wokół kaplicy. Podczas pierwszej w parafii uroczystości Bożego Ciała (11 czerwca 1998) i w latach następnych, zwraca uwagę wspaniała oprawa liturgiczna procesji.
Z upływem czasu skromne wnętrze kaplicy zyskiwało elementy wyposażenia. Było to wynikiem zapobiegliwości o. proboszcza Ludwika Pociaska i pozostałych duszpasterzy, ofiarności parafian i dobrodziejów.
W święto patronalne Zgromadzenia Braci Pocieszycieli z Getsemani,
15 września, składają oni śluby wieczyste lub ponawiają profesję zakonną. I tak, w 1998 r. śluby wieczyste złożył br. Antoni M. Wilga. Eucharystii przewodniczył o. proboszcz Ludwik M. Pociask, a śluby przyjmował przełożony prowincjalny o. Świerad M. Pettke. Równo rok później bracia ponawiali profesję zakonną; w Mszy św. uczestniczył przełożony generalny zgromadzenia o. Viliam Vala CCG i współbracia z domów zakonnych w Polsce. Data 15 września 2000 r. zapisana jest na zawsze w sercu br. Stanisława M. Krause, jako dzień, w którym złożył on pierwszą profesję zakonną.
19 i 20 grudnia 1998 r. w parafii odbyła się pierwsza wizytacja kanoniczna, na zakończenie której wizytator, bp diecezjalny Bronisław Dembowski, napisał w kronice parafialnej: „Serdecznie dziękuję Ojcom Pocieszycielom z Getsemani za trud włożony w organizowanie parafii pw. Matki Bożej Fatimskiej. Owoce tego trudu już wyraźnie widać. Z całego serca błogosławię”.
Na przestrzeni 10 lat raz mniej, raz bardziej owocnie działały w parafii grupy apostolskie. Obecnie pieczę nad 38-osobową grupą ministrantów sprawuje br. Stanisław M. Krause. Opiekunem koła różańcowego i harcerzy (ZHP) jest o. proboszcz, a koła Caritas o. Marek M. Sztukowski. Trudno nie wspomnieć o zespole muzycznym Eden, który zapewnia oprawę muzyczną liturgii.
Praca duszpasterska to także lekcje katechezy: na terenie par. MB Fatimskiej znajduje się Zespół Szkół nr 11 we Włocławku i Szkoła Podstawowa w Modzerowie. Bracia pocieszyciele katechizują również junaków OHP we Włocławku. Konsolidacji wspólnoty sprzyjały – i nadal ją integrują – pielgrzymki (m.in. 7 czerwca 1999 r. liczna grupa parafian, dorosłych i dzieci, wzięła udział w spotkaniu modlitewnym z Ojcem Świętym Janem Pawłem II na placu przed świątynią w Licheniu). Dobrą sławą we Włocławku cieszą się organizowane przez braci pocieszycieli obozy ministranckie, półkolonie, częste akcje charytatywne, wycieczki, festyny, obchody Dnia Matki i Dnia Dziecka, turnieje sportowe, spotkania opłatkowe, jasełka, kuligi i bale dla dzieci. Wszystkie przedsięwzięcia organizowane są tak, aby nie było rozdźwięku między sferą religijną i świecką ludzkiej aktywności.
W 1999 r., poprzez adorację Najświętszego Sakramentu i Różaniec, wierni przygotowywali się do Misji Jubileuszowych 2000 „Z Bogiem w trzecie tysiąclecie” dla parafii włocławskich. Podjęli też różne postanowienia duchowe i zobowiązania materialne; m.in. postanowili odnowić figury i krzyże przydrożne znajdujące się na terenie parafii. 13 listopada duszpasterze i duża grupa wiernych udała się do katedry, na Mszę św. pod przewodnictwem pasterza diecezji na rozpoczęcie misji, podczas której delegacje parafii włocławskich odbierały poświęconą przez ks. biskupa księgę Pisma Świętego i zapaloną świecę. Nazajutrz w par. MB Fatimskiej rozpoczęły się misje święte, trwające do 21 listopada; prowadzili je ojcowie paulini. Przeżyciem dla wiernych była procesja z krzyżem misyjnym i udział w obrzędzie jego poświęcenia. Niestety, frekwencja nie musiała być zadowalająca, skoro prowadzący kronikę duszpasterz z żalem zanotował: „Misje święte to czas odnowy duchowej parafii. Wiele osób skorzystało z tego daru łaski, jednak wielu parafian pozostało obojętnymi na wołanie Chrystusa «Przyjdźcie do Mnie wszyscy»”.