Początki administracji kościelnej w Rosji związane są z panowaniem carycy Katarzyny II (1762-1796). Do roku 1772 wspólnota katolicka w tym kraju liczyła ok. 10 tys. osób, głównie narodowości francuskiej, polskiej, włoskiej i niemieckiej.
Opiekę duszpasterską nad wiernymi sprawowali duchowni podlegający rzymskiej Kongregacji Rozkrzewiania Wiary. Nie istniała żadna hierarchia katolicka. W 1783 r. papież Pius VI utworzył archidiecezję mohylewską, obejmującą zasięgiem terytorium ówczesnego cesarstwa rosyjskiego. Początkowo siedzibą arcybiskupów mohylewskich był Mohylew, a od 1873 r. Sankt Petersburg. Od 1799 r. metropolitom przysługiwał przywilej purpury i zaszczytny tytuł arcybiskupów mohylewskich i metropolitów Imperium Rosyjskiego. Archidiecezja mohylewska była największą metropolią na świecie, a katolicy od początku musieli stawiać czoło samowoli kolejnych władców Rosji, którzy nierzadko ingerowali w wewnętrzne sprawy Kościoła. W 1798 r. Pius VI erygował (w ramach metropolii mohylewskiej) pięć diecezji: wileńską, żmudzką, łucko-żytomierską, kamieniecką i mińską. Liczyły one 872 parafii i 1 mln 767 tys. 623 wiernych. Zmieniająca się sytuacja w Rosji powodowała konieczność wewnętrznej reorganizacji kościelnych struktur administracyjnych. Tym bardziej że ich liczba wzrastała, co było następstwem masowych deportacji katolików z Królestwa Polskiego w głąb Rosji. Po zawarciu w 1847 r. konkordatu przez Stolicę Apostolską z Rosją, w południowych guberniach cesarstwa utworzono diecezję tyraspolską ze stolicą w Saratowie; ją również włączono do metropolii mohylewskiej.
Kolejne zmiany w organizacji terytorialnej Kościoła związane były z represjami po powstaniu styczniowym. Car Aleksander II zniósł w 1866 r. diecezję kamieniecką, wcielając jej terytorium do diecezji łucko-żytomierskiej, a następnie w podobny sposób skasował w 1869 r. diecezję mińską i włączył jej terytorium do diecezji wileńskiej. W 1880 r., na mocy umowy między Rosją a Stolicą Apostolską, zniesione diecezje otrzymały status administratur apostolskich. Do życia przywrócił je dopiero papież Benedykt XV: mińską w 1917 r., kamieniecką – w 1918 r. W roku 1870 w siedmiu istniejących w Rosji diecezjach było 1027 parafii i 2 mln 759 tys. 950 wiernych. Dekret tolerancyjny cara Mikołaja II z kwietnia 1905 r. przywrócił katolikom wiele skonfiskowanych i zamkniętych przez rząd carski świątyń i kaplic. Przed wybuchem I wojny światowej Kościół katolicki w Rosji składał się z archidiecezji mohylewskiej z siedzibą metropolity w Petersburgu, diecezji: łucko-żytomierskiej, tyraspolskiej, wileńskiej i żmudzkiej oraz administratur apostolskich: kamienieckiej i mińskiej. Ogółem było wtedy 1158 parafii, ponad 5 mln wiernych, 2194 księży oraz ponad 1300 kościołów i kaplic. Przed rewolucją 1917 r. w europejskiej części Rosji było 150 katolickich parafii, pół miliona wiernych i ponad 250 księży. Funkcjonowały dwa seminaria duchowne: w Petersburgu i Saratowie. Na uwagę zasługuje fakt, że 62 absolwentów seminarium i Akademii Duchownej w Petersburgu zostało biskupami, a dwóch kardynałami (kard. Aleksander Kakowski).
Upadek caratu i rewolucja bolszewicka spowodowały znaczące zmiany w sytuacji Kościoła rzymskokatolickiego: w 1923 r. liczył on 1 mln 650 tys. wiernych, 397 księży oraz 580 kościołów i kaplic. Całe terytorium obejmowała archidiecezja mohylewska z podległymi jej diecezjami: mińską, łucko-żytomierską, kamieniecką, tyraspolską. Utworzona w 1923 r. diecezja władywostocka podlegała bezpośrednio Stolicy Apostolskiej i liczyła sześć parafii, sześciu księży i ok. 20 tys. wiernych (ordynariuszem był bp Karol Śliwowski). Ponadto w struktury organizacyjne Kościoła wchodziły dwa wikariaty apostolskie: Syberii oraz Kaukazu i Krymu. Osobne struktury organizacyjne posiadała administratura apostolska dla katolików obrządku ormiańskiego i egzarchat Kościoła katolickiego obrządku wschodniego.