Ochrona życia, Traktat Konstytucyjny UE oraz tzw. lustracja duchownych były najobszerniejszymi tematami 339. Zebrania Plenarnego KEP.
Biskupi jednoznacznie opowiadają się za konstytucyjnym zagwarantowaniem ochrony życia – od poczęcia do naturalnej śmierci; są przeciw rozstrzyganiu ważnych kwestii moralnych na drodze referendum – brzmi komunikat wydany po zebraniu plenarnym biskupów. Jednak to, w jaki sposób zagwarantować ochronę życia, w którym miejscu w konstytucji, należy do kompetencji parlamentu, a nie Konferencji Episkopatu.
Biskupi ogłosili też swoje stanowisko w sprawie Traktatu Konstytucyjnego UE. Dostrzegli wiele pozytywnych rozstrzygnięć zawartych w dokumencie. Pochwalają m.in. zapisy nakładające na Unię obowiązek poszanowania statusu prawnego Kościołów i związków wyznaniowych, prowadzenie z nimi dialogu oraz przepisy gwarantujące wolność religijną członkom Unii. Zauważyli jednak dwa zasadnicze braki traktatu – brak odwołania do Boga oraz brak ukazania roli chrześcijaństwa w kształtowaniu Europy.
W odniesieniu do tzw. lustracji duchownych biskupi stwierdzili, że oceny postaw księży z okresu komunistycznego dokonywać winny tylko komisje powołane przez biskupów diecezjalnych lub Konferencję Episkopatu Polski. Metodologia ich działania oparta jest na „Memoriale”
biskupów.
Zebranie plenarne wybrało kard. Stanisława Dziwisza na nowego członka Rady Stałej Episkopatu. Współprzewodniczącym Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i Episkopatu został abp Sławoj Leszek Głódź. Radzie Naukowej KEP przewodniczyć będzie bp Andrzej Dzięga. Wszystkie te funkcje sprawował do chwili rezygnacji abp Stanisław Wielgus.