Po zajęciu całej Polski przez Sowietów kontynuacja walki zbrojnej dla większości żołnierzy niepodległościowego podziemia była czymś oczywistym. Zasadniczym pytaniem, na które musieli odpowiedzieć dowódcy i żołnierze, nie było - "czy walczyć?", ale - "kiedy walczyć?" Wciąż pokutuje błędne mniemanie, że rozwiązanie Armii Krajowej było wyrazem rezygnacji ze zbrojnej walki o niepodległość.
W 1945 roku powszechnie uważano, że sowieckie rządy w Polsce to sytuacja tymczasowa. Wielu oczekiwało nowej wojny Anglosasów z prącym na Zachód Stalinem.
Ogłaszając w styczniu 1945 roku rozwiązanie Armii Krajowej, Komendant Główny AK gen. Leopold Okulicki liczył na to, że demobilizacja pozwoli uchronić tysiące szeregowych żołnierzy przed represjami sowieckimi. On również nie wierzył w trwałość komunistycznych porządków w Polsce. Wzywając żołnierzy do wytrwania przy idei niepodległej Polski, wyrażał nadzieję, że "obecne zwycięstwo sowieckie nie kończy wojny". Uważał, że dojdzie do nowej wojny i klęski Sowietów. Sądził, że walkę zbrojną należy tylko czasowo przerwać, aby "przetrwać najtrudniejszy okres", kiedy Rosjanie mają nad Polakami miażdżącą przewagę i każde powstanie zbrojne będą w stanie utopić w morzu krwi. To dlatego w całym kraju rozwiązywanie oddziałów partyzanckich było połączone nie z niszczeniem, ale konserwowaniem i tajnym magazynowaniem broni. Uważano, że już wkrótce będzie
potrzebna do dalszej walki.
Rozpoczęto rzeczywistą demobilizację nie tylko w oddziałach AK, lecz także w jednostkach podziemia narodowego. Jednocześnie, co najmniej od wiosny 1945 roku, w różnych rejonach kraju nakazywano przygotowywać projekty odtworzenia jednostek partyzanckich. Między innymi Adam Stabrawa "Borowy", dowódca I Pułku Strzelców Podhalańskich AK, w maju 1945 r. otrzymał polecenie sporządzenia wykazów zabezpieczonej broni i ilości żołnierzy do dyspozycji "w razie mobilizacji".
Generał Okulicki nie miał wątpliwości, że ZSSR dąży w rzeczywistości do całkowitego uzależnienia Polski. Uważał, że dopóki trwa wojna z Niemcami, Zachód będzie się godził na żądania Stalina. Po klęsce Hitlera sytuacja "bezwarunkowo ulegnie zmianie [...] na naszą korzyść", a w nowej sytuacji Anglicy doprowadzą do wyparcia osłabionych Sowietów z Europy i z Polski: "Jestem przekonany, że stosowny organ władzy bardzo szybko upora się z organizowanymi obecnie przedstawicielstwami NKWD i znajdzie odpowiednią linię swojego rozwoju. [...] Przypuszczam, że w okresie następnym będziemy mieli pełną swobodę działania (na początku, możliwe, bardzo ograniczoną) w organizowaniu naszej państwowości". Z takiej oceny sytuacji Okulicki wyprowadził w marcu 1945 roku dwa zasadnicze wnioski określające kierunki dalszego działania: "1) Przeżyć ten okres z jak najmniejszymi stratami. Starać się uchronić naszych ludzi drogą przerzucania ich z jednego miejsca na drugie. Nie podejmować otwartej walki z PPR. Czekać na zmianę stosunku Anglików do ZSSR. Rozpowszechniać wśród społeczeństwa opinię, że wszystko to - przemijająca historia. 2) Przygotować siły do działania po zakończeniu panowania NKWD".
Plany ograniczenia walki zbrojnej do koniecznych aktów samoobrony i przetrwania najtrudniejszego okresu sowieckiej dominacji były ze wszech miar logiczne. Problem jednak w tym, że pogląd o nietrwałości sytuacji politycznej i o możliwości wybuchu konfliktu między Anglosasami a ZSSR był obecny także wśród komunistów. Jeszcze w maju 1945 roku Władysław Gomułka na plenum KC PPR mówił o możliwości wybuchu nowej wojny: "dopiero po konferencji pokojowej będziemy mogli powiedzieć, czy idziemy do nowej wojny, czy też zmierzać będziemy do pokoju". Stalin miał świadomość, że na wypadek wybuchu otwartego konfliktu polskie podziemie będzie zapleczem działań dywersyjnych na sowieckich tyłach. Dlatego konsekwentnie zmierzano do przetrącenia polskiemu podziemiu kręgosłupa, poprzez masowe represje dokonywane w czasie, kiedy ZSSR miał faktycznie nieograniczoną swobodę działań w Polsce.
Demobilizacja kilkusettysięcznej podziemnej armii w warunkach terroru i polowań na jej żołnierzy nie była łatwa. Akcje pacyfikacyjne NKWD i UB, aresztowania, napady na ludność wiejską w celu odbierania kontyngentów, rabunki, gwałty i morderstwa Armii Czerwonej, ucieczki przed poborem do wojska, spowodowały, że wiosną 1945 roku lasy na powrót
zapełniły się partyzantami.
Niektóre oddziały w ogóle nie zostały rozwiązane; inne - wkrótce po rozwiązaniu ponownie odtwarzały się w lesie; powstawały także zupełnie nowe jednostki partyzanckie.
"W miesiącach kwiecień-maj zapełniły się więzienia […] Polując na mnie - UB aresztowało 8 maja moich trzech braci, Stanisława, Jana i Stefana oraz dwóch szwagrów" - wspominał legendarny dowódca partyzancki z Kielecczyzny, Antoni Heda ps. "Szary". "Przeszli okropne tortury - niejako za mnie. Braci Stanisława i Jana oraz szwagra Stanisława zamordowano w ciągu kilku tygodni. […] Na taką serię okrucieństw trzeba było zareagować tak, jak to czyniłem za okupacji niemieckiej: rozbijaniem więzień i uwalnianiem aresztowanych i skazanych". Partyzanci przeprowadzili setki udanych akcji, rozbijając więzienia oraz posterunki UB i milicji oraz zadając wrogowi poważne straty. W różnych regionach kraju dochodziło do starć z oddziałami pacyfikacyjnymi NKWD, UB i KBW. Do najbardziej znanych akcji można zaliczyć zdobycie przez oddział AK por. Edwarda Wasilewskiego "Wichury" obozu koncentracyjnego NKWD w Rembertowie, skąd uwolniono ponad 1400 więźniów; uwolnienie po kilkuset AK-owców z więzień UB w Kielcach, Radomiu, Białymstoku oraz rozbijanie powiatowych UB i aresztów w Puławach, Nowym Targu i w dziesiątkach innych miast powiatowych. Już wówczas sławę zyskiwali tacy dowódcy partyzanccy, jak Hieronim Dekutowski "Zapora", Marian Bernaciak "Orlik", Stanisław Sojczyński "Warszyc" czy Zygmunt Szendzielarz "Łupaszka", który po przedarciu się z Wileńszczyzny walczył na Podlasiu i Pomorzu.
Tylko teoretycznie sytuacja rozwijała się po myśli komunistów. Rozmiary podziemia, paraliż wielu lokalnych struktur władzy na skutek działalności oddziałów partyzanckich, skala poparcia dla nich w społeczeństwie, przerosły to, czego spodziewali się komuniści. Okazało się, że mimo wielomiesięcznych aresztowań, mordów i wywózek siły niepodległościowe wciąż zachowują duży potencjał i możliwości organizacyjne. Wbrew propagandzie stan rozpracowania "wroga" przez UB w wielu wypadkach
był dla "bezpieki" kompromitujący.
Sięgnięto po inne metody. Zawarcie porozumień moskiewskich i entuzjazm społeczeństwa po powrocie do kraju b. premiera Rządu RP Stanisława Mikołajczyka komuniści wykorzystali do przeprowadzenia tzw. akcji amnestyjnej. Opierano się wprost na doświadczeniach sowieckich, m.in. z podobnej operacji, przeprowadzonej przez NKWD kilka miesięcy wcześniej w stosunku do polskiej konspiracji na Wileńszczyźnie. Zorganizowano akcję ujawnień konspiracji pod hasłami pojednania i powrotu do życia cywilnego. Prawdziwym celem było pełne rozbicie podziemia: osłabienie jego spójności, zebranie dokładnych danych na temat struktur i dowódców, rozszerzenie bazy agenturalnej i roztoczenie faktycznej kontroli nad konspiracją.
Efekty amnestii były sukcesem komunistów: w sumie ujawniło się około 45 tysięcy ludzi. Znacząca część podziemia jednak nie uwierzyła w szczerość intencji UB. W wielu rejonach próbowano skorzystać z okazji przeniesienia żołnierzy do życia cywilnego, jednak bez rejestrowania tego na UB. Powszechną praktyką były próby "zamelinowania się" na ziemiach zachodnich. Niektórzy dowódcy, licząc na wolne wybory lub na przyszłą wojnę, kontynuowali walkę zbrojną, tym bardziej, że już jesienią 1945 r. komuniści przystąpili do nowej ofensywy przeciw oddziałom leśnym.
Wojna partyzancka w dalszym ciągu trwała na obszarach, które już w 1944 roku zajęli Rosjanie. W roku 1946 w ocenach komunistów na czoło walki zbrojnej wysunęło się województwo krakowskie - głównie dzięki działalności zgrupowania Józefa Kurasia "Ognia". Na akcję amnestyjną zareagował on jednoznacznie. "Sprawa złożenia broni: jako Polak i stary partyzant oświadczam:
wytrwam do końca
na swym stanowisku "Tak mi dopomóż Bóg". Zdrajcą nie byłem i nie będę. Gwarancje wolności wydajecie więźniom, których katujecie jak barbarzyńcy. Wstyd, hańba. Swoim postępowaniem doprowadzicie do zguby samych siebie" - pisał w liście wysłanym do UB.
Na obszarach kontrolowanych przez partyzantkę silna akcja wymierzona w struktury reżimu, zwalczanie band rabunkowych oraz agentów i informatorów UB powodowały, że ludność czuła się bezpieczniej - odmawiała stawania do poboru, oddawania kontyngentów czy nawet płacenia komunistom podatków. W wielu powiatach komórki PPR schodziły do podziemia, co na dłuższy czas hamowało rozwój struktur partii.
Nigdy nie uda się precyzyjnie ocenić, ile osób przeżyło pierwszy okres komunizmu dzięki działalności zbrojnego podziemia. Warto też pamiętać, że każda likwidacja funkcjonariusza nowej władzy była trwałym sukcesem sił niepodległościowych.