Ten święty kapłan stosował w oratorium dla chłopców na przedmieściach Turynu metodę wychowawczą nazwaną systemem prewencyjnym, czyli zapobiegawczym. Do tej pory salezjanie – jego duchowi synowie - korzystają z niej w oratoriach, ośrodkach opiekuńczo-wychowawczych oraz szkołach.
Zainicjował ją po Soborze Trydenckim św. Józef Kalasancjusz, a potem zastosował św. Jan de la Salle, założyciel Zgromadzenia Braci Szkół Chrześcijańskich. Sam zaś ks. Bosco poznał ją w praktyce w pijarskim kolegium Nazaretum w Rzymie, a potem zaadaptował do swojego oratorium i rozwinął.
Pod względem opresyjności jest to system wychowawczy przeciwstawny rygoryzmowi pedagogicznemu, jakim jest system represyjny, w którym wychowawca ogłasza obowiązujące prawa i egzekwuje je, wymierzając za przekroczenia surowe kary. Unika przy tym wchodzenia w relacje zażyłości z podopiecznymi. Natomiast system prewencyjny polega na zaznajomieniu podopiecznych z obowiązującymi przepisami i roztoczeniu nad nimi ojcowskiej opieki. Każdego z nich należy traktować indywidualnie, poświęcić mu swoją uwagę i czas, próbując się z nim zaprzyjaźnić. Bo opiekun ma nie tyle budzić respekt i utrzymywać wobec chłopców dystans, ile pozyskać ich zaufanie, służyć radą oraz upominać z dobrocią. I przestrzegać po przyjacielsku przed wszelakimi wykroczeniami, aby im zapobiec.
Ks. Bosco przygotował dla domów Towarzystwa Salezjańskiego regulamin, w którym napisał, że system prewencyjny oparty jest na rozumie, religii i dobroci. Wychowawca ma więc podejmować rozumne decyzje, dawać przykład chrześcijańskiego życia i okazywać dobroć wobec innych ludzi. Dzieło wychowania zaś powinno mieć oparcie w życiu sakramentalnym, dlatego należy zachęcać podopiecznych do częstej spowiedzi i Komunii św. oraz codziennego uczestnictwa we Mszy św. System ten wyklucza surowe kary, ponieważ poniżają one wychowanka i pozostawiają w jego sercu urazę. A jeśli już kara musi być wymierzona, to ma ją poprzedzać przyjacielskie upomnienie wraz z uzasadnieniem. Jako wytrawny pedagog ks. Bosco zwracał również uwagę na żywą naturę chłopców, która sprawia, że często ich winy są tylko skutkiem zapomnienia. A ponieważ źródłem grzechu jest często nuda i bezczynność, toteż głosił, że trzeba we właściwy sposób zorganizować młodym ludziom czas wolny. Wiedział, że wychowankom należy zostawić dużo swobody, aby mogli się wyhasać, toteż przywoływał słowa wielkiego przyjaciela młodzieży św. Filipa Neri: „Róbcie wszystko, co chcecie; mnie wystarczy, żebyście nie grzeszyli”.