Osiemnastego stycznia 2006 r. zakończyło się ziemskie życie ks. Jana Twardowskiego. W kościołach w Polsce modlono się w intencji zmarłego kapłana poety; we włocławskiej katedrze – 5 lutego, podczas Mszy św. o godz. 9.30.
Eucharystii przewodniczył proboszcz parafii katedralnej ks. prał. Stanisław Waszczyński. Koncelebrowali: ks. prał. Krzysztof Konecki i ks. kan. Jacek Szymański. Liturgię uświetnił śpiewem chór katedralny pod kierunkiem ks. prał. Józefa Nowaka.
W homilii ks. Stanisław Waszczyński mówił o poezji ks. Jana Twardowskiego jako o niepowtarzalnym zjawisku artystycznym, zwrócił też uwagę na jej znaczenie dla ewangelizacji. Nieskomplikowanym językiem, bez wyszukanych metafor poeta pisał o tak ważnych dla człowieka sprawach jak sens i cel życia, o wierze, nadziei, miłości. Właśnie miłość przedstawiał jako odpowiedź na najskrytsze potrzeby człowieka. O fundamentalnych sprawach dotyczących relacji między Stwórcą a wszelkim stworzeniem mówił z serdeczną prostotą i właściwym sobie humorem, wyrażając tę prawdę, że Bóg jest miłością, a każdy człowiek jest Jego ukochanym dzieckiem. Jakże wielu z nas pod wpływem lektury wierszy ks. Twardowskiego, „ujrzało” uśmiechnięte oblicze Boże i na nowo znajdowało zagubioną wiarę, ilu pogłębiało swą wrażliwość, oswajało z faktem śmierci, ilu uczyło się szacunku do otaczającej przyrody?...
Poezja księdza Jana. Oryginalne sformułowania człowieka głębokiej, ufnej wiary, który z pietyzmem zbiera najdrobniejsze nawet ułomki prawdy o ludziach. Poezja przesycona miłością, „sakralnością” natury i świata, jeśli dotyczy bólu i tragedii – niesie równocześnie nadzieję. Poezja, która pokazuje, że sztuka rozumiana jako kontemplacja i odtwarzanie natury może być wspaniałą, głęboką modlitwą. Dziękujmy Bogu za te wiersze, a nade wszystko za każdą łaskę, którą Stwórca ozdobił życie ich autora, za zdolności i dary, których używał ks. Jan Twardowski i wszelkie dobro, jakie się dokonało dzięki jego posłudze.
Ksiądz poeta żył pogodnie i umierał pogodnie, wśród przyjaciół. To oni zapisali jego ostatni wiersz:
Zamiast śmierci racz z uśmiechem przyjąć, Panie,
Pod Twe stopy, życie moje jak różaniec.
Trzeciego lutego 2006 r., po Mszy św. w kościele Sióstr Wizytek, setki ludzi ustawiały się przed kryptą dla zasłużonych Polaków w świątyni Opatrzności Bożej, by pożegnać się z poetą. Dwa dni później, podczas Mszy św. we włocławskiej katedrze grupa uczniów I LO im. Ziemi Kujawskiej recytowała wiersze ks. Jana Twardowskiego. Zasłuchani w strofy, na nowo doświadczyliśmy blasku słów, dźwięków, zapachów, barw, perspektywy w przestrzeni i czasie. Bowiem ksiądz Jan, choć „wymknął się naszym oczom”, żyje w poezji, którą stworzył.