Jan Paweł II w swoich tekstach bronił człowieka, jego zdolności do poszukiwania i odnalezienia prawdy o Bogu, człowieku i otaczającym go świecie.
Głupiec nie pozna
Pismo Święte mówi, że człowiek z obserwacji otaczającego go świata nie tylko może, ale i powinien za pomocą swojego rozumu poznać prawdę o istnieniu Boga Stwórcy. Św. Paweł podkreślał, że potęga Boga staje się widzialna dla ludzkiego umysłu poprzez Jego dzieła.
Jednak grzech może tak zniewolić umysł i serce człowieka, że ma on trudności w zaakceptowaniu prawdy o istnieniu Boga. Jan Paweł II w encyklice Fides et ratio pisał: „Według Biblii tego rodzaju głupota niesie z sobą zagrożenie dla życia. Głupiec bowiem łudzi się, że posiada rozległą wiedzę, ale w rzeczywistości nie potrafi skupić uwagi na sprawach istotnych. Nie pozwala mu to zaprowadzić ładu we własnym umyśle ani przyjąć właściwej postawy wobec samego siebie i najbliższego otoczenia. Gdy wreszcie posuwa się do stwierdzenia, że «Boga nie ma», ujawnia z całkowitą jasnością, jak znikoma jest jego wiedza i jak daleko mu jeszcze do pełnej prawdy o rzeczach, o ich pochodzeniu i przeznaczeniu”.
Dwa skrzydła
Jan Paweł II wielokrotnie podkreślał, że nie ma żadnej sprzeczności między wiarą i rozumem. Przez akt wiary człowiek przyjmuje fakt objawiającego się Boga i otwiera się na rzeczywistość, niepoznawalną rozumem ani zmysłami. Aby wniknąć w całą tajemnicę wszechświata i człowieka, potrzebuje wiary. Rozum oświecony wiarą prowadzi człowieka do poznania obiektywnej prawdy o Bogu oraz ostatecznym sensie ludzkiego życia, cierpienia i śmierci. Na początku swojej encykliki papież pisał: „Wiara i rozum są jak dwa skrzydła, na których duch ludzki unosi się ku kontemplacji prawdy. Sam Bóg zaszczepił w ludzkim sercu pragnienie poznania prawdy, którego ostatecznym celem jest poznanie jego samego; aby człowiek poznając go i miłując, mógł dotrzeć także do pełnej prawdy o sobie”.
Doskonała całość
Rozum i wiara wzajemnie się wspomagają i uzupełniają. Wiara otwiera przed rozumem nieograniczone perspektywy i wolność poznawania. Pozbawiona oparcia w rozumie narażona jest na to, że stanie się przesądem lub mitem. To dlatego wiara powinna zawsze opierać się na rozumie, a rozum na wierze. W jednej z katechez, wygłoszonych w lipcu 1985 r. Jan Paweł II stwierdzał, że rygory poszukiwań naukowych oraz radosne uznanie istnienia Boga nie tylko mogą iść w parze, ale wręcz tworzą doskonałą całość. Przypominał przeprowadzoną wśród naukowców ankietę, która pokazała, że zdecydowana większość czołowych naukowców uważa się za ludzi wierzących. Przytaczał również wypowiedź znanego włoskiego fizyka Enrico Medi, który przekonywał, że identyczność cząsteczek, istniejących w najbardziej nawet oddalonych częściach wszechświata wyklucza możliwość prawdopodobieństwa ich powstania, a jest argumentem za istnieniem przyczyny, która nadała wszystkim rzeczom właściwy im charakter.
Ku wolności
Św. Tomasz z Akwinu dowodził: „Skoro zarówno światło wiary, jak i światło rozumu pochodzą od Boga, to nie mogą sobie wzajemnie zaprzeczyć. Wiara zatem nie lęka się rozumu, ale szuka jego pomocy i pokłada w nim ufność. Jak łaska opiera się na naturze, i pozwala jej osiągnąć pełnię, tak wiara opiera się na rozumie i ją doskonali. Rozum oświecony przez wiarę zostaje uwolniony od ułomności i ograniczeń, których źródłem jest nieposłuszeństwo grzechu i zyskuje potrzebną moc, by wznieść się ku poznaniu tajemnicy Boga w Trójcy Jedynego”.
Aby przyjąć treść wiary, ludzki rozum nie musi się upokarzać ani zaprzeczać samemu sobie. Rzetelne i uczciwe badania naukowe prowadzą do Boga, a nie Jemu zaprzeczają. Poznanie rozumowe nie jest jednak pełnią poznania – ta dokonać się może tylko na płaszczyźnie wiary, poprzez nawiązanie osobistej relacji miłości z odkrytym Bogiem. Jan Paweł II podkreślał, że objawiając się człowiekowi, Bóg ofiarował mu odpowiedź na pytanie o ostateczny sens jego życia – tajemnica człowieka wyjaśnia się bowiem dopiero w tajemnicy Wcielonego Słowa. Temu Bogu, który się objawia, należy okazać posłuszeństwo wiary, powierzając się Mu i uznając otrzymane od Niego objawienie. Papież podkreślał, że właśnie w tym posłuszeństwie najpełniej wyraża się wolność człowieka, gdyż człowiek przyjmuje od Boga to, co pozwala mu w pełni realizować siebie.