Świątynia nosiła na samym początku wezwanie Błogosławionej Maryi Dziewicy. Przełom XV i XVI w. to czas wzniesienia na miejscu drewnianej świątyni murowanego kościoła w stylu późnogotyckim.
Koniec archidiakonatu kamieńskiego
Tuż przed 1590 r. powstał nowy dekanat łobżenicki, do którego należały kościoły parafialne w Łobżenicy, Luchowie, Dźwiersznie, Sypniewie, Zakrzewie z kaplicami w Potulicach i Debrznie, Buczku, Batorowie, Gronowie, Złotowie, Skicu i Krajeńce.
„Koniec archidiakonatowi kamieńskiemu położyła bulla De salute anirnarum z 1821 roku i podzieliła go między diecezję chełmińską i gnieźnieńską. Dekanat łobżenicki został włączony do diecezji gnieźnieńskiej” – czytamy w jednym z opracowań.
Lata 1556–1560 to przekazanie świątyni wraz z budynkami kościelnymi braciom czeskim. Aktu tego dokonał ówczesny właściciel miasteczka Jan Krotowski. Jednak w 1622 r. kościół znowu powrócił w ręce katolików, a świątynię św. Anny przekazano protestantom.
I tak konsekracja fary pw.Najświętszej Maryi Panny, której dokonał sufragan gnieźnieński, miała miejsce 2 października 1622 r. Wówczas po rekatolizacji proboszczem parafii został ks. Wojciech Gałczyński.
Miejsce to szybko stało się głównym centrum życia duchowego w Łobżenicy. Z protokołu wizytacyjnego (datowanego na rok 1653) można się dowiedzieć, że w farze znajdowały się cztery ołtarze. Główny przedstawiał wizerunek Matki Bożej Częstochowskiej. Drugi – z obrazem Matki Bożej – znajdował się w murowanej kaplicy. Trzeci – przedstawiał wizerunek Matki Bożej Dziewicy. Umieszczono go w oddzielnej – murowanej kaplicy.
Międzywojnie i Wiosna Ludów
Fara została spalona w czasie najazdu szwedzkiego, a świątynię odbudowano w 1662 r. i konsekrowano pod obecnym wezwaniem Świętej Trójcy. Był to kościół jednonawowy z cegły, w którym zainstalowano, dzięki ofiarom darczyńców, nowe ołtarze. „Życie parafian koncentrowało się przy farze. Od 1724 r. istniało Bractwo Różańcowe, które działało do XIX w. Uroczyście obchodzono wszystkie święta maryjne. Skupiały one ogromną liczbę wiernych” – czytamy w dokumentach.
Rok 1775 obfitował w renowacje, a świątynię pokryto nową dachówką. Od strony północnej mieścił się ołtarz św. Anioła Stróża, a od południa ołtarz boczny z obrazem św. Rocha oraz kaplica z wizerunkiem Matki Bożej Częstochowskiej.
W trudnym okresie zaborów przy łobżenickiej farze koncentrowało się życie religijne, a po wybuchu Wiosny Ludów kościół stał się ostoją polskości. W Łobżenicy utworzono m.in. polską czytelnię parafialną.
Czasy międzywojnia to wyraźne zubożenie wnętrza kościoła. Fara posiadała drewnianą wieżę z zegarem, basztę, kruchtę ze strony północnej. Dzwonnica znajdowała się na zewnątrz, a świątynia nosiła wezwanie Świętej i Niepodzielnej Trójcy.
Kolejna przebudowa fary nastąpiła w latach 1932–1935. Kościół przedłużono w części zachodniej oraz dostawiono murowaną wieżę. Od północy dobudowano nawę boczną oraz dostawiono wieżyczkę z blachy. Dobudowano także dwie zakrystie, a od zachodu przygotowano wejście główne.
Okupacja była czasem próby – zarówno dla mieszkańców, jak i duszpasterzy. 5 i 7 listopada 1939 r. duchownych, którzy przebywali w więzieniu w Łobżenicy, przewieziono do Górki Klasztornej. Tam odprawiali swoje ostatnie Msze św.
Po wyzwoleniu miasta kościół otwarto. Nie było jednak księdza. Posługę duszpasterską sprawował wówczas kapłan ze Sławianowa. Po II wojnie światowej do miasta przybył ks. Stanisław Gierszewski, który został jednocześnie dziekanem dekanatu łobżenickiego.
W Łobżenicy poza kościołem parafialnym Świętej Trójcy znajdowały się wówczas dwa katolickie obiekty sakralne. Była to świątynia św. Anny i kościół św. Szczepana.
Obfitość powołań
Obecnie dziekanem dekanatu oraz proboszczem parafii jest ks. Karol Glesmer. Jak podkreśla, to wyjątkowa wspólnota, o czym świadczy chociażby liczba powołań. – Po II wojnie światowej wyszło z tej wspólnoty ponad 30 kapłanów i ok. 30 sióstr zakonnych. To ewenement. Ale to nie wszystko. Parafia w Łobżenicy to najstarsza parafia w diecezji bydgoskiej – powiedział kapłan.
We wspólnocie działa sporo grup katolickich. Jest oaza, świetlica dla dzieci, szkoła językowa dla najmłodszych. Działają także Straż Honorowa Najświętszego Serca Pana Jezusa, Żywy Różaniec, Centrum Grupy Modlitewnej „Margaretka” oraz Apostolstwo Dobrej Śmierci.