Umieszczony w głównym ołtarzu krzyż – nazywany Kcyńskim Cudownym Panem Jezusem –
słynie z licznych łask. Świadczą o tym rozliczne wota. Według protokołu z 1836 r. samych srebrnych było aż 101.
Perła wśród diecezjalnych świątyń
W roku 1612 dzięki staraniom abp. Wojciecha Baranowskiego do Kcyni sprowadzono karmelitów, którym przekazano kościół i drewniane zabudowania, które spłonęły w 1775 r. Nową świątynię wraz z krużgankiem wzniesiono w stylu późnobarokowym do roku 1785. W 1816 r. konwent karmelitów liczył dziewięciu mnichów. Nie minęło wiele lat, a po kasacie karmelitów w Kcyni w roku 1835 kościół (jako pomocniczy) darowano wspólnocie farnej.
Świątynia jest trójnawowa. Fasadę zachodnią wieńczą dominujące nad miastem dwie smukłe wieże. Dzięki niezwykłej architekturze oraz lokacji na wzniesieniu kcyńskie sanktuarium może być podziwiane nawet z okolicznych wsi. Długość świątyni wynosi 30 m, szerokość 17 m, a wysokość każdej z wież klasztoru – 37 m.
Aktualny piękny wystrój wnętrza pochodzi z lat 60. ubiegłego wieku. Powstał przy użyciu pracochłonnych i rzadko już stosowanych technik sgraffito i buono fresco. Prace wykonał prof. Leonard Torwird z Torunia. Obrazy i malowidła umieszczone na ścianach i sklepieniach nawiązują do scen z Pisma Świętego.
We wnętrzu znajduje się ambona w kształcie łodzi z wizerunkiem ryby pod dziobem, emblematem papieskim na maszcie i Okiem Opatrzności na żaglu. Pięknie prezentują się również rokokowe ławy z II poł. XVIII stulecia.
Z kościołem są integralnie związane klasztor oraz krużganek odpustowy, zwany kalwarią. Krużganek składa się z dwóch długich skrzydeł od wschodu i południa oraz krótkich ramion łączących zespół klasztorny z wieżą kościoła i z przejściem przy prezbiterium. W trzech narożnikach usytuowano kwadratowe kaplice.
Włosy Pana Jezusa
Jeśli chodzi o wizerunek Kcyńskiego Cudownego Pana Jezusa – z naturalnymi włosami i srebrną koroną cierniową – to jego dzieje zostały dokładnie opisane w książce Filar przy Drodze Krzyżowej, tj. Krzyż Cudowny w kcyńskim kościele O.O. Karmelitów.
„W dawnym kościółku umieszczony był ten Krzyż Zbawiciela w przedsionku, gdzie wiele pobożnych osób modły do niego wznosiło. Między innymi panna Wilczyńska z Żurawi, gdy nieznośny ból głowy cierpiała, modląc się przed tym krucyfiksem, postanowiła sobie obciąć włosy i przybrać nimi figurę Zbawiciela. Przyprawiwszy więc włosy swoje tej figurze, natychmiast wolną od wszelkich bólów głowy została.
W tym samym czasie żebrak, pozbawiony wzroku od urodzenia, nocując w wiosce Tupadły pod Kcynią, został ze snu przez kogoś obudzony i wyprowadzony ze stodoły, w której spał, na pole. Stąd ujrzał nagle cały kościół O.O. Karmelitów w nadzwyczajnej jasności, a nad nim ten sam Krzyż Zbawiciela z włosami na głowie Pana Jezusa. Natychmiast udał się do miasta i opowiadał o nadzwyczajnym zjawisku. Nie można było zaprzeczyć jawnego cudu, wszyscy bowiem znali żebraka, który nagle wzrok odzyskał. Tym oczywistym cudem pobudzony pan Chodowski, dzierżawca starostwa kcyńskiego, wystawił własnym nakładem ołtarz w kościele, dokąd przeniesiono cudowną figurę” – czytamy w świadectwach świadczących o kulcie.
Dzisiaj w każdy piątek wierni gromadzą na Eucharystii wotywnej o krzyżu, która jest połączona z nabożeństwem i oddaniem czci relikwiom.
Droga Krzyżowa
Odwiedzając kcyńskie sanktuarium, warto zobaczyć także wielką kalwarię, która odzyskuje swój dawny blask. Powstała wraz z klasztorem ze względu na kult Cudownego Pana Jezusa. Wybudowana w kształcie litery „L” przylega do świątyni, tworząc wirydarz. Sama polichromia została wykonana w stylu klasycystycznym na początku XIX w. Najprawdopodobniej jej autorem jest Antoni Smuglewicz. Stacje, niestety naruszone przez czas i wilgoć, były kilkakrotnie przemalowywane.
Dzięki obecnemu proboszczowi ks. kanonikowi Michałowi Kosteckiemu były i są prowadzone prace konserwatorskie. Wykonawcą dzieła jest Zakład Konserwacji Malarstwa i Rzeźby Polichromowej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu pod kierunkiem dr Solidy Lim. W 2006 r. konserwacji poddana została pierwsza stacja wraz ze sklepieniem oraz stojący obok niej ołtarz. Jak się okazało, bardzo zniszczone malowidło skrywało tajemnicę... Otóż wcześniej były tam wybite drzwi, które później zamurowano i pokryto innym malowidłem. W sumie odkryto trzy obrazy naniesione na siebie. Wszystkie ukazywały skazanie Jezusa na śmierć. Po zakończeniu renowacji można dostrzec, że ślady poszczególnych obrazów w mistrzowski sposób zostały połączone w jedno dzieło.
Ciekawostką jest to, że w okresie powojennym, kiedy proboszczem parafii był ks. Klemens Wnuk, ówczesne władze państwowe nakazały wykuć wyjście ewakuacyjne. Na miejsce prac nieszczęśliwie wybrano ścianę znajdującą się przed pierwszą stacją kalwarii, przedstawiającą Ostatnią Wieczerzę.
Kcyńska Kalwaria w dużym stopniu odzyskała już swój dawny blask. Prace konserwatorskie nie byłyby możliwe, gdyby nie środki finansowe pochodzące głównie z ofiar wiernych.
Życie Kościoła budują wspólnoty i stowarzyszenia osób świeckich. Wśród ważniejszych wydarzeń w dziejach parafii należy wymienić nawiedzenie relikwii św. Wojciecha w 1991 r., figury Matki Bożej Fatimskiej w roku 1996, a także relikwii św. Teresy od Dzieciątka Jezus w 2005 r.