Wykładali w nim światowej sławy naukowcy. Tutaj powstała słynna szkoła matematyczna (prof. Stefan Banach, prof. Hugo Steinhaus), szkoła zoologiczna (Rudolf Weigl - wynalazca szczepionki przeciw tyfusowi plamistemu), szkoła geograficzna (prof. Eugeniusz Romer) i jeszcze długo można by wymieniać nazwiska innych sławnych profesorów. Po anektowaniu Lwowa przez wojska sowieckie Uniwersytet Lwowsk
i nadal działał. Zajęcia w pierwszym semestrze X-XII 1939 r. odbywały się według polskich, przedwojennych programów.
Okupacyjne zmiany
Stopniowo następowały jednak zmiany. Dnia 29 września 1939 r. nowe władze na Uniwersytecie Jana Kazimierza zaprosiły na meeting do Colegium Maximum profesorów, docentów, asystentów i studentów. W sali wisiał już potężnych rozmiarów portret Stalina. Był obecny komendant Lwowa ze swoja świtą, a zebranie prowadził w języku ukraińskim członek Akademii Kijowskiej Kornijczuk. Wychwalał działalność uniwersytetu, nie zapowiadając większych zmian. Zmiany te jednak systematycznie następowały. 8 października 1939 r. odwołano rektora prof. Romana Longchamps de Berier. Na jego miejsce powołano niemającego żadnego stopnia naukowego działacza partyjnego z Kijowa Mychajłę Marczenkę. Pod koniec 1939 r. zlikwidowano Wydział Teologiczny. W dniu 8 stycznia 1940 r., po długiej walce Moskwy z Kijowem (chodziło o słowo ukraiński) zmieniono nazwę uniwersytetu na „Ukraiński Uniwersytet Lwowski im. Iwana Franko”. Z uniwersytetu wydzielono też Wydział Lekarski, powołując Instytut Medyczny – Medinstytut. Zlikwidowano katedry prawnicze i humanistyczne, a grono profesorskie topniało z każdym dniem. Profesorowie poszukiwali innej pracy, np. znany filozof prof. Kazimierz Ajdukiewicz pracował w rzeźni.
Katedry na zamówienie
Powstawały nowe katedry: dla darwinizmu, leninizmu, stalinizmu itp. Wykładowców zmuszano do używania języka ukraińskiego, urządzając kursy tego języka. Profesorowie, którym udało się zachować swoje stanowiska, starali się wykładać jak przed wojną i zachować obowiązujący poprzednio poziom i kierunek wykładów. Nie było to jednak łatwe wobec narzuconych przez sowietów własnych programów i zupełnie odmiennych metod dydaktycznych. Pojawiali się nowi dziekani. Na przykład Wydział Historii objął prof. Brachyneć, który nie znał nawet liter łacińskich. Były mu zresztą niepotrzebne, ponieważ był profesorem marksizmu i leninizmu. Z bibliotek usuwano wszystkie książki z zakresu filozofii niematerialistycznej i inne nieodnoszące się entuzjastycznie do wschodnich sąsiadów.
Masowe wywozy
Od kwietnia 1940 r. rozpoczęły się już masowe wywozy Polaków ze Lwowa i Małopolski Wschodniej na Sybir. Topniała zatem polska kadra naukowa oraz studenci. Uniwersytet oficjalnie nadal funkcjonował, lecz działały w nim już ostatni członkowie polskiej kadry naukowej oraz studenci. Natomiast działalność polskiego uniwersytetu była nadal prowadzona, ale już potajemnie, w mieszkaniach prywatnych.
Kolejny okupant
W 1941 r. w okresie okupacji hitlerowskiej uniwersytet zamknięto. A już z 4/5 lipca 1941 r. niemiecki batalion „Nachtigall”, w którym służyli również Ukraińcy, zamordował we Lwowie na Wzgórzach Wuleckich 33 profesorów lwowskich uczelni i niektórych członków ich rodzin. W kolejnych dniach zamordowano kolejnych pracowników naukowych, a w dniu 26 lipca – prof. Kazimierza Bartla, byłego premiera polskiego rządu.
Uniwersytet Jana Kazimierza we Lwowie złożył straszliwą daninę krwi, dzieląc los całej polskiej inteligencji twórczej, będącej obiektem szczególnie zaciekłej polityki eksternistycznej obu okupantów.
Uniwersytet Jana Kazimierza we Lwowie, będący widomym znakiem i świadectwem naszej wielowiekowej obecności na Wschodzie, powinien nadal trwać w pamięci żyjących pokoleń jako nasze dziedzictwo i znak tożsamości, mimo dramatycznych losów tej uczelni i jej wspaniałych profesorów.