Wiosną 1946 r., pod presją Związku Sowieckiego, Kościół obrządku łacińskiego został pozbawiony nie tylko zwierzchnictwa, ale przede wszystkim elementu ciągłości organizacyjnej związanej z życiem religijnym.
Dopiero 20 lat później Stolica Apostolska mianowała proboszcza parafii Złoczów – ks. Jana Cieńskiego (1905-1992) tajnym biskupem dla katolików obrządku łacińskiego w granicach ukraińskiej SSR. Sakry biskupiej udzielił mu w konspiracyjnych warunkach Prymas Polski kard. Stefan Wyszyński 30 września 1967 r. w Gnieźnie.
Prześladowanie duchowieństwa
Bardzo uciążliwe było metodyczne i bezwzględne likwidowanie parafii rzymskokatolickich oraz represje wobec duchowieństwa. Wraz z aresztowaniem i zesłaniem duchownego do łagrów zamykano świątynię, likwidując tym samym parafię.
Spośród 74 parafii obrządku łacińskiego, które znalazły się po 1945 r. na zachodniej Ukrainie, przetrwały zaledwie cztery (Dobromił, Mościska, Nowe Miasto i Sambor). Natomiast z 400 parafii archidiecezji lwowskiej, funkcjonujących do 1939 r., w okresie władzy sowieckiej pozostało jedynie siedem: Lwów – bazylika metropolitalna, parafia św. Antoniego, Hałuszczyńce, Barszczów, Stryj, Szczerzec i Złoczów. Z grona 805 kapłanów archidiecezji lwowskiej pełniących służbę duszpasterską w 1939 r. po roku 1945 pozostało zaledwie 22, a w 1984 ich liczba obniżyła się do sześciu: ks. Rafał Kiernicki OFM Conv., ks. Ludwik Kamilewski, ks. Kazimierz Mączyński, ks. Marcjan Trofimiak, bp. Jan Cieński i ks. Augustyn Mednis.
Zamykanie świątyń
Największe zniszczenia materialne Kościoła rzymskokatolickiego na terenie Ukrainy zachodniej spowodowały zbrojne działania ukraińskich nacjonalistów, zapoczątkowane już w 1939 r. W ich rezultacie dziesiątki świątyń padło ofiarą napadów, podpaleń, dewastacji, z których wiele nie zdołało się już podźwignąć. Do dzisiaj w wielu miejscowościach zachowały się resztki takich budowli. Niektóre usuwano z powierzchni ziemi jako przeżytek „religijnego zabobonu”.
We Lwowie również zamykano kościoły i kaplice. Przygnębiające wrażenie wywierały zwłaszcza budowle sakralne o wielkich walorach architektonicznych zamieniane w muzea ateizmu, magazyny, hale produkcyjne, sklepy itp. Jedynie bazylika archikatedralna oraz kościół pw. św. Antoniego przez lata okupacji niemieckiej i radzieckiej były i są nadal czynne dla chrześcijan wyznania rzymskokatolickiego.
Kościół św. Anny
Losy zamkniętych kościołów
Kościół pw. Bożego Ciała (oo. dominikanie) zamknięto decyzją władz 14 maja 1946 r., przeznaczając go na muzeum ateizmu i religii, a klasztor na archiwum wojewódzkie. Od kilku lat pełni jednak funkcję cerkwi greckokatolickiej pw. Najświętszej Eucharystii. W klasztorze jest muzeum historii religii, zawierające arcydzieła sztuki sakralnej, zwłaszcza ikony z XV-XVIII wieku. Posiada również starodruki i unikalne zwoje Tory.
Jeden z najstarszych kościołów pw. Matki Bożej Śnieżnej pełnił funkcję sali przeznaczonej na ekspozycję fotografii.
Piękną świątynię oo. bernardynów wykorzystano do celów kinematografii, dzięki czemu zachowało się tak wiele elementów przedwojennego wystroju. Słynna „Panorama Golgoty”, namalowana przez Jana Stykę, została szczęśliwie przeniesiona po II wojnie światowej do kościoła oo. Bernardynów w Krakowie. Kościół we Lwowie pełni dzisiaj funkcję cerkwi greckokatolickiej pod tym samym wezwaniem św. Andrzeja.
Kaplicę seminarium duchownego obrządku łacińskiego, słynną z malowideł Jan H. Rosena, przeznaczono na audytorium Urzędu Jakości, Meteorologii i Standaryzacji. Kościół pw. św. Mikołaja początkowo oddano Cerkwi prawosławnej, a później stał się magazynem biblioteki uniwersyteckiej. W kościele oo. jezuitów pw. św.św. Piotra i Pawła (zamknięty 4 czerwca 1946 r.) umieszczono skład papieru, a potem zmagazynowano książki Biblioteki Naukowej im. Stefanyka (dawnego Ossolineum).
W kościele św. Anny znajdował się magazyn i sklep meblowy. Pod koniec XX w. ukraińscy artyści ozdobili go pięknymi malowidłami i wzbogacili ikonostasem. Obecnie jest to greckokatolicka cerkiew również pw. św. Anny. Klasztor oo. Karmelitów Trzewiczkowych po eksmisji zakonników w październiku 1945 r. przekazano najpierw na cele archiwum państwowego, a wkrótce potem urządzono tam dom poprawczy dla bezdomnych chłopców.
Kościół oo. franciszkanów – reformatów pw. Świętej Rodziny po przeróbkach przeznaczono na klub oraz siedzibę wojskowej jednostki poborowej, a w klasztorze urządzono hotel robotniczy.
W kościele pw. MB Nieustającej Pomocy i św. Józefa oraz zabudowaniach klasztornych zainstalowano centralę telefoniczną, a kościół oo. Karmelitów Bosych, wybudowany w 1935 r., zamieniono na halę produkcyjną autobusów. Kościół pw. św. Zofii w 1993 r. poświęcono jako cerkiew greckokatolicką pod tym samym wezwaniem, a kościół pw. Wszystkich Świętych i klasztor należy do zakonnic reguły studyckiej i funkcjonuje tutaj cerkiew również pw. Wszystkich Świętych oraz szkoła muzyczno-teologiczna.
Świątynię pw. św. Łazarza po latach zaniedbań i dewastacji w 1989 r. odrestaurowano i przekazano na siedzibę Narodowej Kapeli Chóralnej „Dudaryk”. Kościół pw. św. Elżbiety został zdewastowany w czasach komunistycznych. Powybijano witraże oraz celowo uszkodzono wieże i dachy. Ulokowano tutaj magazyny fabryki cukierniczej „Świtocz”, a w podziemnej kaplicy przedpogrzebowej przechowywano jarzyny. Obecnie po remoncie pełni funkcję cerkwi greckokatolickiej.
Kościół Matki Bożej Śnieżnej
Klasztor ss. Franciszkanek
Wiele lwowskich świątyń zamieniono na przychodnie lekarskie, magazyny, komisy itp. Warto jednakże wspomnieć o kościele pw. Serca Pana Jezusa i klasztorze ss. Franciszkanek. Wnętrze zdewastowano i umieszczono tutaj magazyny instytutu wenerologii. W ostatnich latach świątynię odrestaurowano jako prawosławną autokefaliczną cerkiew pw. Jana Złotoustego, a pomieszczenia klasztorne zajmuje prawosławne seminarium duchowne.
Kiedy po raz ostatni ss. franciszkanki uczestniczyły tu w Mszy św., zapisały w swojej kronice pod datą 13 maja 1946 r. następujące słowa: „Zbliżał się powoli dzień wyjazdu. 13 maja było wszystko spakowane, Siostry na słomie położyły się na krótki spoczynek. Pan Jezus wieczorem został schowany do tabernakulum i razem z Księdzem Kapelanem odmówiłyśmy z brewiarza modlitwy przed podróżą. Księdzu Kapelanowi drżał głos ze wzruszenia, Siostry płakały, tylko kilka z nich śpiewało ostatnią pożegnalną pieśń Panu Jezusowi: Adoremus in aeternum…
Na godzinę trzecią rano zapowiedziana była ostatnia Msza św. Starsze Matki zupełnie się nie kładły na spoczynek, pakowały jeszcze resztki pozostałych rzeczy i prowianty na drogę. O 2.30 kołatka, wszystkie zebrałyśmy się w chórze, wyszła ostatnia Msza św. Nastrój był ogromnie bolesny, czułyśmy się ściśle złączone z męką Jezusa na Kalwarii, nigdy może tak żywo i głęboko nie wniknęłyśmy w ducha Ofiary Mszy św. – ostatnia Komunia św. – spożycie ostatniej Hostii podlane łzami przez ks. Kapelana, ostatnie błogosławieństwo, ostatnia modlitwa, zgaszenie wiecznej lampki i – głucha pustka w kościele. Ale w duszy był Jezus, który szedł z nami na tułaczkę bezdomną, więc usiłowałyśmy mężnie wstąpić na drogę, prowadzącą w nieznane.
O godz. 5 zajechały zamówione auta ciężarowe, by przewieźć paki na dworzec towarowy. Tam składano je na wyznaczonym miejscu przy torze, gdzie miano podstawić wagony. Każdym autem jechała jedna z dzielniejszych Sióstr jako strażniczka, gdyż wiadomo, jak podobne okoliczności służą za doskonałą sposobność dla złodziei i innych rzezimieszków do zbogacenia się cudzą własnością.
W klasztorze równocześnie z ludźmi wynoszącymi paki gościła Komisja, której Matka Wikaria zdać musiała rzeczy spisane do pozostawienia na miejscu. Ksiądz Kapelan przez cały czas siedział w naszym chórze skamieniały z bólu. Około godziny 12 likwidacja była dokonaną, cały klasztor czyściutki, jednej słomki nawet nie pozostało po noclegu, co w podziw wprawiało Komisję”.