Sławomir Cenckiewicz napisał w specjalnym oświadczeniu, że rezygnuje z pracy w Instytucie w związku z „nieuzasadnionymi i brutalnymi atakami” ekipy rządzącej oraz mediów na IPN na niego samego, a także wobec planów cięć budżetowych. W związku z jego odejściem wypowiedzenia złożyło także dwoje innych pracowników gdańskiego oddziału IPN – kierownik referatu wystaw, wydawnictw i edukacji Justyna Skowronek oraz kierownik referatu badań naukowych, dokumentacji i zbiorów bibliotecznych Igor Hałagida (któremu podobno zaproponowano objęcie stanowiska po Cenckiewiczu). – W tej nowej sytuacji, kiedy zabraknie Sławomira Cenckiewicza, uważam, że rzetelność i swoboda prowadzenia badań naukowych nad dekadą lat 70. i 80., którymi się zajmuję, może być utrudniona – oświadczyła Skowronek. Jak poinformowała „Rzeczpospolita”, na dymisję Cenckiewicza naciskali podobno politycy związani z rządzącą koalicją. Mieli oni grozić, że jeśli tak się nie stanie, to budżet Instytutu zostanie obcięty o 30 mln zł. Politycy Platformy Obywatelskiej zaprzeczają tym doniesieniom. – Nie było żadnych nacisków. To czysta konfabulacja osób, które wszędzie chcą widzieć czarną rękę Platformy – powiedział wiceszef klubu PO Grzegorz Dolniak. – Zapowiadane cięcia dotkną wszystkich instytucji, w tym także IPN. A przecież rok temu nic nie wiedzieliśmy, że Cenckiewicz pisze książkę o Lechu Wałęsie i że zrobi się z tego tak wielka burza – argumentował z kolei poseł Waldy Dzikowski. Wiadomo jednak, że na temat Cenckiewicza z kierownictwem gdańskiego IPN rozmawiał sam marszałek Senatu Bogdan Borusewicz. Chodziło o sytuację, w której marszałek skrytykował zaproszenie przez IPN w Gdańsku na szkolne zajęcia edukacyjne i otwarcie wystawy o Wolnych Związkach Zawodowych Wybrzeża Joanny i Andrzeja Gwiazdów. – Doszło do skandalu dlatego, że ja zostałem zaproszony przez IPN do mojej szkoły, liceum plastycznego (...) i nie poinformowano mnie w ogóle, że kilka dni później w tej samej szkole odbędzie się spotkanie z Gwiazdą, Walentynowicz, Cenckiewiczem, Wyszkowskim i to uważam za karygodne – powiedział marszałek. Borusewicz zaprzeczał przy tym, by wywierał jakiekolwiek naciski, choć przyznał, że przeprowadził rozmowę z wicedyrektorem gdańskiego IPN, w której powiedział mu, że sytuacja, do której dopuścił Cenckiewicz, jest „niedopuszczalna”. Także IPN w przesłanym komunikacie zdementował pogłoski, jakoby przedstawiciele kierownictwa PO lub rządu naciskali na władze Instytutu w celu zwolnienia z pracy Sławomira Cenckiewicza. Szef Biura Edukacji Publicznej IPN Jan Żaryn powiedział j jednak, że decyzję o dymisji Cenckiewicza przyjmuje „z bólem” i jest mu przykro, że można doprowadzić do takiej decyzji „człowieka, który jest wybitnym naukowcem”.