Fundacja jest inicjatywą, która zrodziła się po pielgrzymce Ojca Świętego do Polski w 1999 roku. Została powołana przez Konferencję Episkopatu Polski z myślą, aby pozostał po niej trwały ślad. Od listopada 2000 roku. Fundacja przyznaje stypendia dla ubogiej, utalentowanej młodzieży. Głównymi celami Fundacji jest wspieranie rozwoju kultury oraz chrześcijańskich mediów w Polsce, umożliwienie edukacji uzdolnionej młodzieży z małych miast i wsi, a przede wszystkim upowszechnianie nauczania Papieża Jana Pawła II.
Ubiegający się o stypendium musi pochodzić z małego miasta do 10 tysięcy mieszkańców lub ze wsi. Dochód w jego rodzinie na jedną osobę musi być niższy od 0,7 najniższego wynagrodzenia brutto. Pierwszeństwo w otrzymaniu stypendium mają dzieci z terenów popeegerowskich, średnia ocen ucznia nie może być niższa niż 4,5. Poza tym musi mieć on pozytywną opinię rekomendującą od katechety oraz wychowawcy klasy. Stypendium obejmuje trzy pakiety: socjalny, rzeczowy i naukowy. Od początku 2002 r. Fundacja wspiera młodzież z 39 diecezji. Ponad tysiąc stypendystów mogło w tym roku skorzystać z obozu wakacyjno-formacyjnego, który został zorganizowany w Krakowie od 13-25 sierpnia. Młodzież zwiedziła m.in. Kalwarię Zebrzydowską, uczestniczyła we Mszy św. sprawowanej przez ks. kard. F. Macharskiego. Wypoczywający bawili się dobrze - dla wielu z nich był to pierwszy wyjazd wakacyjny w życiu.
Dzień Papieski
Czternastego października 2001 r. odbył się w Polsce po raz pierwszy Dzień Papieski. Od tego czasu jest on zawsze organizowany w niedzielę poprzedzającą rocznicę wyboru Papieża-Polaka - 16 października. Dzień ten obchodzony jest w czterech wymiarach: intelektualnym, duchowym, artystycznym i w wymiarze solidarnościowym, który stanowi zbiórka pieniędzy wspomagająca fundusz stypendialny Fundacji. Organizatorom Dnia Papieskiego zależy przede wszystkim na propagowaniu nauczania Jana Pawła II, wcielaniu w życie słów Papieża, chodzi bowiem o to, by nie tylko słuchać, ale i czynić, czyli angażować się w różne formy działalności społecznej. W tym dniu w całej Polsce trwa modlitwa w intencji Papieża. Odczyty, wystawy, wieczory poetyckie, koncerty, festyny przygotowywane nie tylko przez parafie, realizują wymiar artystyczny i intelektualny tego dnia. W tym roku Dzień Papieski jest obchodzony 12 października pod hasłem " Jan Paweł II - Apostoł Jedności".
Totus
Totus jest nagrodą Fundacji przyznawaną przez Radę Fundacji dla docenienia dorobku i skutecznego promowania osób oraz instytucji, które swą działalnością wskazują na wartość człowieka, a tym samym realizują treści nauczania Papieża. Nagroda przyznawana jest w czterech kategoriach. W tym roku nominowani są: w kategorii "Promocja człowieka, praca charytatywna i edukacyjno-wychowawcza": m. in. s. Małgorzata Chmielewska, przełożona Wspólnoty Chleb Życia, Piotr Pawłowski, założyciel Stowarzyszenia Przyjaciół Integracji, redaktor naczelny czasopisma "Integracja" skierowanego do osób niepełnosprawnych, s. Weronika Mościcka, albertynka, która kieruje Hospicjum Domowym Stacji Opieki Caritas w Olsztynie oraz siostry Maria i Teresa Sawickie, które od 20 lat przygotowują codziennie obiad w swoim mieszkaniu w Krakowie dla ok. 100 biednych i bezdomnych. W kategorii "Osiągnięcia w dziedzinie kultury chrześcijańskiej" m.in.: A. Bujak - wybitny artysta fotografik, o. A. Bujnowski OP - plastyk, dyrygent chórów, autor tekstów oraz krakowska aktorka i reżyser Danuta Michałowska, która podczas okupacji współtworzyła zespół Teatru Rapsodycznego. W kategorii "Propagowanie nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II" nominowana jest m. in.: Fundacja Jana Pawła II, ks. prof. dr hab. J. Kudasiewicz oraz KAI.
W roku 2000 Totus przyznany był pierwszy raz w dziedzinie mediów dla upamiętnienia bp. J. Chrapka oraz jego roli w ukazywaniu osoby i nauczania Jana Pawła II. W kategorii tej nominowani są m.in. portal internetowy "Mateusz" oraz zespół twórców filmu "Edi". Nagroda Totus jest nagrodą pieniężną, laureaci otrzymują również dyplom i pamiątkową statuetkę Anioła prof. W. Kućmy. Zdobywców tegoroczej nagrody poznamy 11 października podczas uroczystej gali na Zamku Królewskim w Warszawie.
Fundacja Episkopatu Polski to nie tylko stypendia, uroczyście obchodzony Dzień Papieski czy nagrody Totus, to przede wszystkim inicjatywa wszystkich ludzi dobrej woli, którym bliska jest osoba Jana Pawła II oraz jego nauczanie.