Wspólnoty klasztorne miały swój początek w spontanicznym ruchu pustelniczym III wieku. W tym czasie Pismo Święte zostało przetłumaczone na język koptyjski i dotarło ze swoim radykalnym przesłaniem nie tylko do mieszkańców miast w Egipcie, ale także do ludzi prostych. Przyjęli je oni z radością i w całości, dając się ponieść neofickiej gorliwości. Niemal masowo zaczęli wychodzić na pustynię okalającą dolinę Nilu, szukając miejsc odosobnionych, budując cele lub zamieszkując jaskinie.
Choć to często ludzie wykształceni, a nawet arystokraci, to w przeważającej liczbie byli wśród nich koptyjscy chłopi, pasterze, wielbłądnicy, a nawet bandyci i prostytutki. Jednym z pustelników był św. Pachomiusz, który urodził się pod koniec III wieku. Będąc w wojsku, spotkał prawdziwych chrześcijan, a po odbyciu służby przyjął chrzest święty i poszedł na pustynię, by pobierać nauki od eremity Palemona. Wkrótce udał się do opustoszałej wioski Tabenna nad Nilem, gdzie żył samotnie w surowej ascezie. Przyłączali się do niego uczniowie, aż wreszcie na skutek wizji i przemyśleń Pachomiusz zebrał ponad trzystu uczniów, tworząc pierwszy klasztor.
Pod koniec życia Pachomiusza takich klasztorów było już dziewięć. Jego siostra Maria założyła dwa klasztory żeńskie. Zasady życia mnichów zostały ujęte w regułę spisaną właśnie przez Pachomiusza i miały wielki wpływ na późniejszą regułę św. Benedykta. Mnichów obowiązywała czystość, ubóstwo i posłuszeństwo. Pachomiusz wyżej cenił życie we wspólnocie niż samotność pustelnika, twierdząc: wszyscy powinni służyć ci pomocą, ty powinieneś wszystkim być użyteczny.