W środę 6 kwietnia 2005 r. Włocławek żegnał Ojca Świętego Jana Pawła II. Dwanaście tysięcy wiernych uczestniczyło w koncelebrowanej Mszy św. w bazylice katedralnej pod przewodnictwem biskupa włocławskiego Wiesława Meringa, modląc się w intencji zmarłego Papieża, oddając hołd jego pamięci, rozważając słowa homilii żałobnej, którą wygłosił pasterz diecezji.

Od chwili pogorszenia się stanu zdrowia Jana Pawła II w katedrze gromadzili się na modlitwie liczni wierni, jednak najwięcej ich przybyło na środową Mszę św. żałobną o godz. 18.30. Ludzie zaczęli się gromadzić już przed godz. 15, ich liczba znacznie wzrosła przed godz. 18, kiedy wikariusz parafii katedralnej ks. Zbigniew Barcz poprowadził modlitwę różańcową. Wkrótce zgromadził się taki tłum, że wylewał się ze świątyni na plac przed katedrą, a na placu Mikołaja Kopernika sięgał aż do gmachu Wyższego Seminarium Duchownego.
W liturgii uczestniczyły władze samorządowe Włocławka, poczty sztandarowe szkół, firm, instytucji i organizacji kombatanckich. Licznie przybyło duchowieństwo, nie zabrakło diakonów i alumnów WSD oraz członków zgromadzeń zakonnych. Jak powiedział w homilii bp Wiesław Mering, Jan Paweł II raz jeszcze nas zjednoczył. To, co wyzwoliła w Polsce jego śmierć, graniczy z cudem: rzeka modlitwy, spowiedzi po latach obojętności w wierze, nawrócenia.
Homilia pasterza diecezji skłaniała wiernych do zachowania wewnętrznego spokoju po śmierci Ojca Świętego, przydawała im ducha nadziei, która przecież zawieść nie może. Jednak nie należy dziwić się ludzkim łzom ani samemu wstydzić się łez. Śmierć Papieża odczuwamy jako bolesną stratę, był bowiem dla nas jak kochający ojciec i wychowawca. - Dojrzewamy z czasem w przeżywaniu tej śmierci - mówił w homilii bp Mering. - Zrozumieliśmy po pierwszym wstrząsie, że Jan Paweł II przygotowywał nas do tego dnia, tak jak przygotowywał sam siebie. Słuchając go, często nie rozumieliśmy jego nauki. Trzeba światła Ducha Świętego, aby zrozumieć testament, spadek zostawiony przez Papieża, czyli jego nauczanie. Uczył nas właściwych wyborów, wskazywał na ten wymiar naszego człowieczeństwa, który rozgrywa się między niebem a ziemią. Jest nim powołanie do świętości. Był Papieżem troski o prawa człowieka, o pojednanie między narodami i religiami, Papieżem pokoju i nadziei. Nadzieja dotycząca ostatecznego zwycięstwa Chrystusa była jednym z głównych motywów nauczania. Ta nadzieja każe wierzyć, że zło można zwyciężyć dobrem. Był też niezwykłą osobowością, o ogromnym wkładzie w proces zmian we współczesnym świecie. Papież Polak, który kochał swój kraj i nas uczył Ojczyznę kochać, był znakomitym nauczycielem ludzi młodych i starszych. Pozostawił nam wiele darów. Ostatni - to dar Roku Eucharystii, który nas zobowiązuje. Bez Eucharystii nie jesteśmy w stanie być Kościołem naszego Pana. Niósł światu Jezusa. Tego "niesienia" oczekuje także od nas. Pokonał już swoją drogę do Ojca, na spotkanie z Jezusem. Od Papieża mamy się uczyć, że tą drogą należy iść godnie, mimo trudu i cierpienia.
Wołamy dziś: nie opuszczaj nas, Janie Pawle, jesteś nam przecież tak bardzo potrzebny! - kontynuował pasterz diecezji. - Jednak wierząc w świętych obcowanie, wierzymy, że jest on z nami w jednym Chrystusowym Kościele. Obyśmy uwierzyli, że jesteśmy razem w Eucharystii, obyśmy w nią uwierzyli i bardziej ukochali. Homilię zakończyły słowa: - Dziś, kiedy Jan Paweł II wszedł w życie, w którym nie ma "ani żałoby, ni krzyku, ni trudu, i nie potrzeba słońca, ni księżyca, bo lampą jest Baranek" (por. Ap 21, 4; 23), dziękujmy Bogu całym sercem za świadectwo życia, za nauczanie Jana Pawła II; za wstawiennictwo, którym nas wesprze u Boga Ojca. Stukając do nieba na pewno usłyszał: "Wejdź sługo, dobry, wierny, wejdź do radości twej".
Po zakończonej liturgii, pod ciemnym już niebem, składano wiązanki kwiatów i zapalano świece pod tablicą upamiętniającą pobyt Jana Pawła II we Włocławku w czerwcu 1991 r. Ceremonii towarzyszyło bicie katedralnego dzwonu "Hieronim". Żałobny dźwięk unosił się daleko nad okolicą. W świątyni już wcześniej wyłożona była księga żałobna, do której mieszkańcy miasta wpisywali kondolencje.