Wszystkie próby wstrzymania odbudowy murów, którą kierował Nehemiasz, spełzły na niczym. Niecałe dwa miesiące po rozpoczęciu prac można było zamknąć bramy miasta.
Upomnienie bogatych
Teraz należało zająć się problemami społecznymi. W Jerozolimie było bardzo wielu biednych, którzy za chleb sprzedawali swoje domy i winnice, a nawet oddawali w niewolę swych synów i córki. Oto my oddajemy w niewolę synów naszych i córki nasze – mówili – i niektóre z córek naszych są poniżane, a myśmy bezsilni, gdyż pola nasze i winnice należą do innych. Źródeł tej trudnej sytuacji było kilka, z jednej strony pazerność i bezwzględność bogatej ludności, z drugiej – brak zapłaty za pracę przy odbudowie murów.
Nehemiasz zgromadził bogaczy i przemówił do nich tym tonem: My [w Babilonii] wedle możności wykupiliśmy braci swoich, Żydów, zaprzedanych poganom; natomiast wy sprzedajecie braci swoich, i oni się zaprzedają. [...] Darujmyż ten dług! Zwróćcież im natychmiast ich pola, winnice, ogrody oliwne i domy oraz darujcie udzieloną im pożyczkę pieniędzy, zboża, wina i oliwy. Było widać, że Nehemiasz jest zdecydowany, jeżeli będzie trzeba, wymusić darowanie długów biednym. Bogacze, chcąc nie chcąc, musieli przystać na jego propozycję. Aby być pewnym, że to uczynią, zaprzysiągł wierzycieli, że postąpią zgodnie z obietnicą. Chcąc dać dobry przykład, zrezygnował z należnych mu, jako namiestnikowi Judei, podatków. Sam o tym napisał: Od dnia kiedy powołano mnie na naczelnika ziemi judzkiej [...] przez dwanaście lat ani ja nie jadłem chleba namiestnikowskiego, ani moi bracia. Natomiast dawniejsi namiestnicy, którzy byli przede mną, nakładali na lud ciężary i pobierali od nich chleb i wino, dziennie czterdzieści syklów srebra.
Wskrzeszenie kultu
Nehemiasz przybył do Jerozolimy nie tylko w celu odbudowy murów miasta, ale po to, by stworzyć społeczność religijną Żydów na terenie Judy i zabezpieczyć jej trwałość. Jedną z pierwszych decyzji był nakaz zamykania bram Jerozolimy na noc i utworzenie policji pilnującej tych bram. Następnie Nehemiasz rozszerzył ten przepis na czas szabatu: w siódmy dzień tygodnia bramy były cały czas zamknięte i kupcy nie mogli ani wjechać, ani opuścić miasta, aby sprzedawać swoje towary. Jerozolima miała niewielu mieszkańców. Duży procent stanowili cudzoziemcy. Namiestnik polecił drogą losowania wyznaczyć co dziesiątego mieszkańca żydowskich wiosek w okolicy Jerozolimy i osiedlić się mu w Jerozolimie. Aby zapewnić stałą służbę kapłańską w świątyni, wymusił na Żydach doroczne przynoszenie do sanktuarium pierwocin owoców ziemi i bydła oraz oddawanie dziesięciny lewitom, którzy mieli z kolei oddawać dziesiątą część tego, co otrzymali, do skarbca świątyni.
Odnowienie przymierza
Trzeba było jeszcze ustanowić odpowiednie Prawo. Pomógł w tym Ezdrasz, kapłan, który w czasie sprawowania urzędu namiestnikowskiego przez Nehemiasza przybył z Babilonii. Powrócił do kraju nie tylko z dużą grupą wygnańców, pragnących osiedlić się w Judzie, ale także z Księgą Prawa. Cały lud zgromadził na obszernym placu, przed Bramą Wodną, w południowej, najniżej położonej części miasta. Tam Ezdrasz stanął na drewnianym podwyższeniu, które zrobiono w tym celu. [...] otworzył księgę na oczach całego ludu [...], a gdy ją otworzył cały lud się podniósł. I błogosławił Ezdrasz Pana, wielkiego Boga, a cały lud z podniesieniem rąk swoich odpowiedział: „Amen! Amen!”. Potem oddali pokłon i padli przed Panem na kolana, twarzą ku ziemi. [...] Czytano więc z tej księgi, księgi Prawa Bożego, dobitnie, z dodaniem objaśnienia, tak że lud rozumiał czytanie. Następnie przez kilka dni Ezdrasz kontynuował czytanie.
Po trzech tygodniach tłumnie zebrani w pokutnych strojach Żydzi procesyjnie podążyli z placu zebrań drogą wspinającą się na górę Moria, do świątyni. Tam publicznie wyznali swe grzechy i odnowili Przymierze z Bogiem. Dokument Przymierza zawierał taki zapis: Wobec tego wszystkiego my zawieramy i spisujemy umowę, a na tym pieczętowanym dokumencie są podpisani nasi książęta, lewici i kapłani. [...]: że córek naszych nie damy narodom tej ziemi, ani ich córek nie weźmiemy za żony dla naszych synów [...], w roku szabatowym zrzekniemy się korzyści i żądania zwrotu od wszelkiego dłużnika. Niniejszym podejmujemy też zobowiązanie, że rocznie dawać będziemy jedną trzecią sykla na potrzeby kultu w domu Boga naszego [...] Chcemy też rokrocznie przynosić do domu Pańskiego pierwociny ziemi naszej [...] Tak więc nie zaniedbamy domu Boga naszego.
Potrzeba silnej ręki
Po dwunastu latach rządów, w 433 r.p.Chr., spełniwszy postawione sobie zadanie, Nehemiasz wrócił na dwór Artakserksesa do Suzy. Niestety, gdy w Jerozolimie zabrakło jego energii i determinacji, wszystko zaczęło chylić się ku upadkowi. Chciwy arcykapłan Eliaszib porozumiał się z Tobiaszem, namiestnikiem Ammonu, i wydzierżawił mu część świątyni na cele handlowe. Ludność przestała uiszczać zobowiązania na świątynię, w efekcie czego kapłani i lewici przestali spełniać swe obowiązki liturgiczne; powszechne stały się małżeństwa mieszane i fraternizowanie się z ludami pogańskimi.
Nehemiasz ponownie poprosił króla o pozwolenie na powrót do Jerozolimy. Wrócił zaledwie po dwóch latach. Tym razem działał z całą bezwzględnością człowieka, który ma władzę i pragnie użyć jej w dobrym celu. Natychmiast wyrzucił sklepiki Tobiasza ze świątyni. Syna arcykapłana Eliasziba, który pojął za żonę córkę Sanballata, wypędził z kraju. Kupcom handlującym w szabat pod murami Jerozolimy zagroził uwięzieniem. Egzekwował oddawanie daniny na świątynię, mianował uczciwych skarbników. Gdy odkrył, że dzieci z mieszanych małżeństw nawet nie znają języka ojczystego, bardzo się zdenerwował. A do żydowskich ojców mówił: Nie wydawajcie córek swoich za ich synów! Nie bierzcie córek ich dla synów swoich ani dla siebie za żony! Czyż nie przez to zgrzeszył Salomon, król izraelski! A przecież między wielu narodami nie było króla jak on. Był on miły Bogu swemu i ustanowił go Bóg królem nad całym Izraelem; nawet jego skusiły do grzechu cudzoziemskie kobiety. Czy mimo tej przestrogi ma się słyszeć o was, że popełniacie zupełnie to samo wielkie zło, sprzeniewierzając się Bogu naszemu przez poślubianie kobiet cudzoziemskich?.
Te drastyczne metody okazały się skuteczne. Żydowska społeczność na nowo przestrzegała Prawa. Po roku, upewniwszy się, że wszystko jest dobrze zorganizowane, Nehemiasz wrócił na dwór króla perskiego. Niedługo potem Artakserkses umarł i Nehemiasz opuścił dwór. Zaczął pisać pamiętniki, w których wspominał swe dzieło dokonane w społeczności żydowskiej Judei i zakończył je prośbą: Pamiętaj, Boże mój, o tym na moją korzyść!
Tradycja żydowska przez wieki z wdzięcznością wspominała poświęcenie i dzieło Nehemiasza. W Księdze Syracha napisano o nim:
Pamięć o Nehemiaszu w wielkiej jest cenie!
On nam podniósł mury rozwalone,
postawił bramy i zasuwy i odnowił nasze domy (Syr 49, 13)