Na początku 1989 r. władze diecezji włocławskiej dostrzegły konieczność utworzenia parafii i budowy kościoła na osiedlu Sikorskiego w Koninie. 1 października 1993 r. została tu poświęcona nowa kaplica, a 5 grudnia 1993 r. erygowana parafia pw. Miłosierdzia Bożego, utworzona z części par. św. Bartłomieja Apostoła i par. św. Marii Magdaleny w Koninie. Funkcję proboszcza objął ks. Lucjan Wiatrowski.
W 1995 r. rozpoczęto budowę plebanii. Pozyskiwano środki na tworzenie parafii, a równocześnie trwały prace nad projektem kościoła. 3 czerwca 2006 r. biskup włocławski Wiesław Alojzy Mering poświęcił kamień węgielny pod budowę świątyni, przywieziony z Jerozolimy.
Nie było dane pierwszemu proboszczowi kontynuować prace związane z budową kościoła. Odszedł do Boga 15 marca 2007 r.
W Niedzielę Zmartwychwstania Pańskiego, 8 kwietnia 2007 r., liczne grono wiernych uczestniczyło we Mszy św. koncelebrowanej pod przewodnictwem pasterza diecezji, podczas której wikariusz biskupi na rejon koniński, ks. prał. Wojciech Kochański odczytał dekret, na mocy którego biskup diecezjalny powierzył urząd proboszcza par. Miłosierdzia Bożego w Koninie ks. Romanowi Ziemińskiemu, dotychczas dyrektorowi ekonomicznemu WSD we Włocławku. Następnie ks. bp Mering dokonał kanonicznej introdukcji proboszcza, mówiąc: – Niech Pan błogosławi Twoje wejście do świątyni tej wspólnoty parafialnej. Przekazuję Ci klucze do niej. Otwieraj tę świątynię wszystkim, którzy szukają Boga i pragną oddawać Mu chwałę. Przyjmując obowiązek proboszcza tej parafii, prowadź dalej poszukiwania swoich podopiecznych jako nauczyciel, kapłan, pasterz wszystkich wiernych powierzonych Twojej trosce. Biskup ustanowił Cię nauczycielem tej wspólnoty parafialnej, bo z tego miejsca, z tej ambony będziesz głosić i wyjaśniać słowo Boże, aby wszyscy mogli je usłyszeć i przyjąć do serc słowo Żywego Boga. Oto miejsce, na którym pod sakramentalnymi znakami uobecnia się ofiara krzyża i jest rozdzielany chleb życia, który jako kapłan tej wspólnoty gromadzi wszystkich wokół ołtarza wobec Jezusa Chrystusa w Duchu Świętym.
Po słowie pasterza nowego księdza proboszcza powitali przedstawiciele parafian, którzy staropolskim zwyczajem ofiarowali mu bochen chleba. Następnie witały go dzieci, ministranci, harcerki, katecheci i przedstawicielki wspólnot modlitewnych. Słowom towarzyszyły bukiety kwiatów.
Rozpoczęła się liturgia eucharystyczna, którą ks. Ziemiński sprawował razem z pasterzem diecezji i ks. prał. Zdzisławem Ossowskim, dziekanem dekanatu konińskiego pierwszego i proboszczem par. św. Bartłomieja Apostoła w Koninie. Po homilii, którą wygłosił ks. bp Mering, nowy ksiądz proboszcz złożył wyznanie wiary i przysięgę wierności wobec nauki Kościoła.
W krótkim wystąpieniu po Komunii Świętej ks. Ziemiński zapewnił, że będzie gorliwie realizował trzy ważne zadania duszpasterskie. Pierwszym i najważniejszym jest zbawienie własnej duszy i doprowadzenie wiernych do zbawienia; dwa pozostałe to budowa Kościoła duchowego, budowa wspólnoty oraz praca nad wznoszeniem kościoła materialnego. Podziękował księdzu biskupowi, duchowieństwu – w jego gronie wikariuszowi parafii ks. Waldemarowi Kowalowi, wiernym oraz swojej matce – za obecność i wspólnotę modlitwy. Podkreślił, jak bardzo ujęty jest szczerością i serdecznością mieszkańców parafii, którym odtąd będzie pomagał w drodze do osiągnięcia nieba.
Eucharystię zakończyło pasterskie błogosławieństwo wiernych i wspólny śpiew hymnu „Te Deum laudamus”.