Duchowni, którzy znaleźli się przypadkowo w miejscach starć spieszyli z posługą kapłańską i pomagali rannym zarówno na ulicy, jak i w szpitalach. Siostry zakonne otaczały poszkodowanych szczególną opieką. Widziano dwóch zakonników w brązowych habitach, którzy na schodach kościoła św. Marcina błogosławili czoło pochodu demonstrantów przechodzące w tej okolicy. Zdarzały się także bardziej wstrzemięźliwe postawy duchownych, kiedy to np. proboszcz jednej z poznańskich parafii poproszony o udział w czołówce pochodu przez przypadkowo spotkaną grupę demonstrantów odmówił, tłumacząc to koniecznością udania się na uroczystości święcenia katedry. Właśnie 28 czerwca 1956 r. Kościół katolicki w Poznaniu przeżywał doniosłe wydarzenie, jakim był obrzęd rekoncyliacji, czyli poświęcenie katedry odbudowanej po zniszczeniach i po jej profanacji podczas wojny.
Razem z demonstrantami
W godzinach wieczornych milicjanci przystąpili do poszukiwania uczestników zajść, bijąc ich i znęcając się nad zatrzymanymi. Kierownik poznańskiego Wydziału ds. Wyznań Leonard Łączny, wykonując polecenie KW PZPR, zarządził pogrzeby zabitych na cmentarzach na Junikowie i na Głównej. Niektórych grzebano na stokach Cytadeli. Pochówki odbywały się potajemnie, ponieważ władze obawiały się kolejnych manifestacji, a księża kapelani uczestniczyli w nich pod czujnym okiem funkcjonariuszy UB. W kościołach odbywały się Msze św. w intencji zabitych. Zdając sobie sprawę z tragicznej sytuacji, kuria poznańska zarządziła odprawienie specjalnych nabożeństw z wystawieniem Najświętszego Sakramentu i odśpiewaniem suplikacji Święty Boże po każdej Mszy św. Podczas sprawowania Eucharystii w przypadające następnego dnia święto Piotra i Pawła oraz w niedzielę 1 lipca 1956 r., duchowni w kościołach całej archidiecezji nawiązywali w homiliach do poznańskiego buntu i sławili poległych, którzy walczyli o lepszą Polskę. Miesiąc później, podczas tradycyjnych, żałobnych Mszy św. w całej archidiecezji modlono się za ofiary Poznańskiego Czerwca. Wspominano je także podczas pielgrzymek w lipcu i sierpniu 1956 r. na Jasną Górę w Częstochowie, gdzie właśnie zaczynał się czas Wielkiej Nowenny Narodu Polskiego przed Millennium Chrztu Polski.
Wielu duchownych bezpośrednio po zajściach obawiało się represjonowania Kościoła z powodu śpiewu pieśni kościelnych i rzucanych haseł religijnych podczas demonstracji. Jednak większość księży, szczególnie w terenie, nie tylko w rozmowach prywatnych, ale nawet w kazaniach, solidaryzowała się z demonstrantami.
Paczki dla rodzin
Na październik 1956 r. przypadło apogeum politycznej Odwilży i Polskiego Października. Władzę przejął Władysław Gomułka i w całej Polsce władze rozluźniły metody działania. W Poznaniu zamykano toczące się właśnie pokazowe procesy uczestników Czerwca. Wielu zwalniano z więzień, choć długo, czasem do końca życia, byli oni inwigilowani i szykanowani przez władze. W tym czasie ojciec Czesław Białek SJ, żołnierz AK i więzień stalinowski, który po wyjściu z więzienia zamieszkał w klasztorze u oo. jezuitów w Poznaniu, zainspirował młodzież studencką Poznania do zorganizowania (wzorem działającego jeszcze w czasie zaborów, w okresie niepodległości i krótko podczas okupacji niemieckiej Towarzystwa Opieki nad Więźniami „Patronat”) Studenckiego Komitetu Pomocy dla Więźniów Politycznych.
Po zawłaszczeniu w 1950 r. przez komunistów charytatywnej organizacji kościelnej „Caritas”, możliwość realizacji posługi miłosierdzia w Kościele katolickim w Polsce uległa drastycznemu ograniczeniu i przybrała inne formy działalności duszpasterskiej określonej przez Episkopat Polski. W poznańskiej kurii od 24 grudnia 1957 r. działał Referat Miłosierdzia Chrześcijańskiego. Jednak zanim powstał, Kościół poznański starał się pomagać rodzinom zabitych i aresztowanych robotników. Nawiązano kontakt z działającym na terenie Francji Funduszem Pomocy Rodzinom Ofiar Wydarzeń w Poznaniu. Komitet ten wysyłał paczki żywnościowe i lekarstwa, na adresy rodzin potrzebujących, które zebrano na prośbę bp. Franciszka Jedwabskiego zawartą w poufnym piśmie skierowanym do proboszczów w dniu 27 marca 1957 r. Pracą Referatu Miłosierdzia kierował proboszcz górczyński ks. Józef Jasiński, który sprawował dyskretną opiekę nad rodzinami ofiar Poznańskiego Czerwca 1956.
W czerwcu 1957 r. Władysław Gomułka rozkazał rozciągnąć „żałobną kurtynę milczenia”, starając się wymazać Poznański Czerwiec 1956 r. z pamięci zbiorowej Polaków. Jednak w rocznicę protestów i krwawej pacyfikacji, 28 czerwca 1957 r. w katedrze i innych kościołach archidiecezji modlono się za ofiary Poznańskiego Czerwca.
Przebaczenie i pojednanie
O uroczyste, publiczne obchody przy okazji 25. rocznicy Poznańskiego Czerwca upomniała się dopiero „Solidarność”. 27 czerwca 1981 r. w Zakładach Cegielskiego odsłonięto dwie tablice pamiątkowe. Przygotowano także artystyczny program reżyserowany przez Izabelę Cywińską, w którym artyści recytowali fragmenty utworów m.in. Franciszka Fenikowskiego, Czarny czwartek, Kazimiery Iłłakowicznówny Rozstrzelano moje serce w Poznaniu, Juliana Kornhausera Zabójstwo czy Adama Ważyka Krwawy Czerwiec 1956. Podczas Mszy św., którą 27 czerwca 1981 r. odprawiono na placu przy skrzyżowaniu ul. Hetmańskiej i 28 Czerwca 1956 w sąsiedztwie Zakładów Cegielskiego, poświęcone zostały sztandary „Solidarności” HCP i MKZ Regionu Wielkopolska, a przed błogosławieństwem miała miejsce uroczysta Rota Przysięgi na te sztandary. Jej autorem był Roman Brandstaetter.
Dzień później na pl. Mickiewicza odbywała się główna uroczystość odsłonięcia i poświęcenia pomnika Czerwca 1956, w której uczestniczyli ludzie z całej Polski, w tym m.in. Lech Wałęsa. W homilii podczas Mszy św. kończącej uroczystość abp Jerzy Stroba powiedział, że nie można zrozumieć treści tego pomnika bez krzyża Chrystusa. – Na krzyżach pomnika umieszczono daty: 1956, 1968, 1970, 1976 i 1980, a więc Poznańskiego Czerwca i wynikających z niego wypadków w Warszawie, na Wybrzeżu, w Radomiu i znowu na Wybrzeżu i w całej Polsce. U stóp pomnika widnieje napis: „Za wolność, prawo i chleb”. Chce on powiedzieć, że ci, którzy walczyli, cierpieli i zginęli w tych latach, uczynili to jak Chrystus – za innych, to jest za nas wszystkich. Chrystus przebaczył na krzyżu łotrowi i swoim prześladowcom. Odtąd krzyż jest znakiem przebaczenia. Nasz pomnik ma kształt dwóch krzyży, dlatego jest i chce być znakiem przebaczenia i pojednania. Stąd właśnie nazwany został pomnikiem jedności – mówił abp Stroba.
W specjalnym telegramie, odczytanym podczas obchodów, solidarność z ofiarami Poznańskiego Czerwca wyraził wracający do zdrowia po zamachu papież. Jan Paweł II pisał: „Módlmy się za tych, którzy mieli odwagę upomnieć się o poszanowanie praw człowieka i zapłacili za to najwyższą cenę. Krew polskich robotników, przelana na ulicach Poznania, razem z krwią tylu Polaków i Polek, którzy złożyli życie na ołtarzu Ojczyzny i Kościoła, niech będzie dla wszystkich moich Rodaków znakiem i wezwaniem do odważnego i odpowiedzialnego zespolenia się wokół najwyższych wartości, wokół człowieka, jego godności, wokół Narodu, Ojczyzny, jej teraźniejszości i przyszłości. Chciejmy to szczególne dziedzictwo wiary, pracy, walki i krwi naszych ojców i braci, które żyje we współczesnych pokoleniach, pieczołowicie, z troską, ustawicznie odnawiać, rozwijać i przekazywać młodym pokoleniom”. Warto dodać, że podczas II Pielgrzymki do Ojczyzny w 1983 r. władze nie pozwoliły papieżowi pomodlić się przy pomniku Poznańskiego Czerwca 1956. Mógł to uczynić dopiero w 1997 r.
W oficjalnym organie prasowym poznańskiej kurii „Miesięczniku Kościelnym Archidiecezji Poznańskiej” cenzura zgodziła się zamieścić następujący zapis: „W 25. rocznicę wypadków czerwcowych 1956 roku w Poznaniu uroczyście odsłonięto i poświęcono pomnik ku czci poległych na ulicach stolicy Wielkopolski. Tam, gdzie przed wojną stał pomnik Wdzięczności Najświętszego Serca Jezusowego, który zburzyli hitlerowcy, teraz Chrystus powrócił na swe dawne miejsce w formie podwójnego krzyża”.