Dziś nie potrafimy wyobrazić sobie bez nich żadnej Mszy Świętej. Brak akompaniamentu tego instrumentu czyni śpiew uboższym, mniej wzniosłym. Nic dziwnego, że organy stanowią dla nas integralną część Kościoła, skoro ich zastosowanie w liturgii datuje się już na VII wiek p.Chr.
Ewolucja
Pierwowzorami organów były niewielkie instrumenty dęte jak dudy czy fletnia Pana. Jednak wykorzystanie siły ludzkich płuc musiało być na tyle męczące, że podjęto próby zastąpienia ich mechanizmem. Efektem był miech sprężający powietrze oraz zainstalowanie wentyli, które doprowadzały je do poszczególnych piszczałek. Twórcą pierwszego instrumentu, który można nazwać organami w pełnym tego słowa znaczeniu, był żyjący w Aleksandrii wybitny grecki matematyk i konstruktor Ktesibios (285-228 a.Chr.). Jako że ciśnienie powietrza w jego „wynalazku” regulowane było za pomocą dużego zbiornika wypełnionego wodą, owe organy noszą miano „wodnych” bądź „hydraulicznych”. Znalazły one powszechne zastosowanie w antycznym amfiteatrze, gdyż emitowały dźwięk znacznie głośniejszy aniżeli pozostałe ówczesne instrumenty muzyczne.
Mechanizm hydrauliczny z czasem zastąpiono skórzanymi miechami sprężającymi powietrze. Dziś organy takie nazywa się pneumatycznymi.
W epoce średniowiecza znacznym osiągnięciem było wybudowanie organów w opactwie Abbington oraz w benedyktyńskim Winchester. Te drugie, wzniesione około 980 r., miały aż 26 miechów i około 400 piszczałek. Co ciekawe, posiadały dwie klawiatury zlokalizowane naprzeciwko siebie, w związku z czym do gry angażowano dwóch organistów. Z przełomu X i XI w. pochodzi także pierwszy, anonimowy traktat dotyczący budowy organów „De mensura fistularum”.
Początkowo organy posiadały klawisze przesuwane, a nie znane nam – naciskane. Wpływało to, oczywiście, na ówczesną technikę gry. Klawisze naciskane pojawiły się około XI w. Ich rozmiary były jednakże olbrzymie: długość osiągała 50 cm, szerokość zaś 15 cm. Dźwięki wydobywano uderzając w klawiaturę pięściami bądź łokciami. Co gorsze, po wciśnięciu klawisze same nie powracały do pozycji wyjściowej.
Technika budowy organów swój znaczny rozwój zanotowała w wieku XIV. Wtedy między innymi powstała klawiatura obsługiwana palcami, a także klawiatura nożna. Jednym z pierwszych kościołów, w którym zbudowano organy z tym drugim typem klawiatury, był kościół św. Małgorzaty w Kętach. Ich autor, Jan Wanc, organmistrz z Żywca, dokonał tego w 1381 r. U końca XIV w. w budowie organów stosowano już głosy solowe, czyli szeregi piszczałek, które imitowały brzmienie innych instrumentów.
Około XV w. wykształcił się nowy typ organów, zwany dziś „renesansowymi”. 
W znamienitszych świątyniach chrześcijańskich normą stały się instrumenty z dwoma klawiaturami manualnymi i jedną nożną. Części instrumentu zaczęto powoli lokować w tzw. szafie organowej. Okres baroku nie przyniósł poważnych zmian w samym mechanizmie funkcjonowania instrumentu. Charakterystyczne dla tej epoki stały się raczej przepiękne formy architektoniczne organów.
Wielki przełom dokonał się dopiero w wieku XIX. W dobie błyskawicznie postępującej industrializacji budowano instrumenty, których liczba głosów przekraczała już sto (katedry w Rydze czy w Wiedniu). Nowe rozwiązania techniczne pozwoliły praktycznie zlikwidować opór podczas gry na klawiaturze manualnej. W tym okresie organy zaczęły „wychodzić” z kościołów, stając się ponownie instrumentem wykorzystywanym w aulach koncertowych czy w teatrze.
Obecność w Kościele
Organy nie od razu pojawiły się w świątyniach chrześcijańskich. U podstaw tego legły zapewne obawy, by liturgia Kościoła nie przesiąkła elementami kultów pogańskich, którym organy nie były obce. Przełom nastąpił w roku 666, gdy papież Vitalianus wydał dekret zezwalający na instalowanie tych instrumentów w kościołach.
Od VII w. prymitywna gra organowa stanowiła podporę dla śpiewu liturgicznego. Udoskonalanie instrumentu i techniki gry sprawiło, że organy stały się znakomitym akompaniamentem dla chórów wielogłosowych. Dziś w dokumentach kościelnych podkreśla się przede wszystkim doniosłość brzmienia organowego. W Konstytucji o Liturgii Świętej Soboru Watykańskiego II czytamy: „W Kościele łacińskim należy mieć w wielkim poszanowaniu organy piszczałkowe jako tradycyjny instrument muzyczny, którego brzmienie ceremoniom kościelnym dodaje majestatu, a umysły wiernych podnosi do Boga i spraw niebieskich” (KL 120). Ponadto w dokumencie „Musicam Sacram” z 1967 r. zapisano, że akompaniament na instrumentach muzycznych winien „podtrzymywać śpiew, ułatwiać udział w czynnościach liturgicznych i przyczyniać się do głębszego zjednoczenia zgromadzonych wiernych” (MS 64). Zgodnie z instrukcją o muzyce liturgicznej, organy winny się znajdować w każdym kościele w Polsce (Instr. Ep. Pol. 1979, 28). Należy jednak pamiętać, że pełnią one w liturgii funkcję służebną. Organista akompaniuje śpiewom uczestników nabożeństwa i nie powinien ich zagłuszać (MS 64). Gra solowa jest dopuszczalna na wejście, podczas Ofiarowania, Komunii oraz na zakończenie Mszy Świętej. Swoją biegłością i talentem muzyk może popisywać się na koncertach organizowanych poza nabożeństwami.
Giganci
Najpotężniejsze organy na świecie znajdują się w Atlantic City Convention Hall w USA. Liczba głosów w tym instrumencie wynosi 336, liczba piszczałek zaś 33 114. Do Księgi rekordów Guinnessa wpisano je nie tylko jako największe organy świata, lecz także jako największy i najgłośniejszy instrument.
W Polsce pozycję lidera (pod względem liczby głosów) zajmują organy w archikatedrze św. Jana Chrzciciela we Wrocławiu (150 głosów). Za nimi plasuje się instrument z bazyliki archikatedralnej Świętej Rodziny w Częstochowie (101 głosów). Miejsce trzecie należy do organów w bazylice archikatedralnej w Gdańsku – Oliwie (96 głosów).