Pierwszy ośrodek sakralny na Zawiślu powstał w poł. XI w. Wówczas to benedyktyni z Mogilna, którzy posiadali prawo patronatu nad położonym na podgrodziu kościołem św. Jana Chrzciciela, mieli wznieść kościół i klasztor św. Gotarda. Autor pierwszej monografii opactwa szpetalskiego ks. Józef Nowacki wiąże hipotezę o fundacji benedyktyńskiej z tradycją lokowania kościołów pw. św. Gotarda w miejscach niedostępnych, poza miastami. Przy kościele miał istnieć szpital – hospicjum (mianem tym określono wówczas przytułek dla kalek i podróżnych) dla oczekujących na przeprawę przez Wisłę. Benedyktyni ustąpili ze Szpetala prawdopodobnie pod naporem pogańskich Prusów.
Szpetal i cystersi
Wieś stała się własnością możnowładcy Boguszy Miecławica z rodu Doliwów, który ufundował opactwo szpetalskie. Starania o jego powstanie czynił biskup kujawski Michał, rywalizujący z biskupem misyjnym Prus Chrystianem w sprawie chrystianizacji tych terenów i opieki nad nimi. Mnisi przejęli od niego klasztor i kościół. Opactwo cysterskie istniało w Szpetalu prawdopodobnie przed 1232 r. Funkcje szpitalne opactwa związane były ze wspomnianą misją. Było ono hojnie uposażone: posiadało trzynaście różnych posiadłości. Kościół i klasztor zostały zniszczone przez Prusów w latach 1242–1243, pewna liczba mnichów – wymordowana.
Świątynia i zabudowania powstały na nowo. Brak wiadomości o ich wyglądzie. Klasztor z kościołem w 1252 r. stał się filią opactwa w Sulejowie, po tym, gdy praw do niego zrzekł się opat Georgentalu w Turyngii (opactwa macierzystego). Próby ratowania klasztoru i kościoła podejmował Bogusza, darując na jego rzecz majątki Konarzewo i Złotopole. Egzekucja zapisu spowodowała spory z biskupem kujawskim Wolmirem. Spór zakończył się w 1262 r. na korzyść cystersów. Jednocześnie zrzekli się oni wszelkich pretensji do innych miejscowości. Opactwo skasowano w 1285 r., przez złączenie uposażenia z opactwem byszewskim, do którego przenieśli się mnisi. Najnowsza historiografia odrzuca wysuwaną przez starszych badaczy hipotezę o przetrwaniu opactwa do 1368 r. Mimo prowadzonych szczegółowych badań archeologicznych nie udało się ustalić lokalizacji opactwa i kościoła. Nie jest prawdziwa podtrzymywana przez niektórych mieszkańców Szpetala opinia, że było ono położone na parceli przy zbiegu ulic Grodzkiej i Lipnowskiej, gdzie stoi krzyż. Ów krzyż nie upamiętania kościoła, lecz wskazuje miejsce, gdzie w XI–XIII w. znajdowało się cmentarzysko.
Burzliwe dzieje świątyni
Drewniany kościół św. Gotarda istniał w Szpetalu do czasów nowożytnych, w ciągu wieków został przesunięty niemal nad brzeg Wisły. Nie miał nic – poza tytułem – wspólnego z fundacją cysterską. W źródłach znajdujemy wzmiankę o istnieniu w Szpetalu kościoła drewnianego w 1564 r. Podupadłą świątynię odbudowano po niemal dwustu latach, w 1690 r., staraniem archidiakona włocławskiego Tomasza Niemierzy, jednak i ta upadła. Na jej miejscu zbudowano w 1743 r. świątynię drewnianą, którą ufundowała kapituła katedralna. Kres istnieniu kościoła na Zawiślu przyniósł pożar w 1806 r. Nie przystąpiono do odbudowy, lecz w 1815 r. wzniesiono w Szpetalu Górnym kościół pw. św. Józefa, jako parafialny dla obu Szpetali.
Biskup reformator
Św. Gotard, benedyktyn (960–1038, kan. 1131), jako biskup Hildesheim (Dolna Saksonia) był odnowicielem życia monastycznego. W Polsce jego kult zapoczątkował król Bolesław Krzywousty, który w 1135 r. odbył pielgrzymkę do grobu świętego. Kult św. Gotarda szerzyły zakony, czego przykładem jest ośrodek szpetalski. Wspomnienie liturgiczne przypada 5 maja; pod tą datą notuje św. Gotarda średniowieczny kalendarz diecezji włocławskiej. Jest patronem podróżnych i murarzy, orędownikiem podczas klęsk żywiołowych; modlą się do niego chorzy, także rodzice mający chore dzieci.