Józef Kruszyński urodził się 17 marca 1877 r. w Kolonii Poraj, w rodzinie włościan Franciszka i Konstancji z Domańskich. Do seminarium duchownego we Włocławku wstąpił w 1894 r. Pięć lat później wysłano go na studia do Akademii Duchownej w Petersburgu. Zdobył tam w 1903 r. stopień magistra świętej teologii. Święcenia prezbiteratu przyjął w katedrze św. Katarzyny w Petersburgu 14 marca 1903 r. Po powrocie do diecezji był wikariuszem w Radomsku, następnie proboszczem w Bronisławiu i Blizanowie.
Wykładowca, społecznik, redaktor
Pracę profesora seminarium duchownego rozpoczął w 1904 r. Wykładał Pismo Święte, archeologię biblijną i język hebrajski. Nadto był prefektem seminarium, a w latach 1905–1911 jego wiceregensem. W tym czasie odbył kilka podróży naukowych. W 1913 r. został katechetą Gimnazjum Państwowego we Włocławku. W latach 1919–1922 uczył łaciny, historii i religii w Gimnazjum Realnym Żeńskim Władysławy Aspisówny. Brał udział w życiu społecznym Włocławka. Przez trzy lata, od 1916 r., jako członek Rady Miasta. Działał w charytatywnej Radzie Opiekuńczej, przewodniczył Międzypartyjnemu Kołu Politycznemu. W wyborach do Sejmu w 1922 r. kandydował na posła z listy Związku Ludowo-Narodowego. Nadto, w latach 1917–1923 redagował ukazujące się we Włocławku pisma: „Wiara i Życie”, „Słowo Kujawskie” oraz „Kalendarz Powszechny”. W publicystyce podejmował popularne wtedy tematy narodowe i z zakresu tzw. kwestii żydowskiej. Do 1922 r. kierował Księgarnią Powszechną i Drukarnią Diecezjalną.
Profesor i rektor
W 1923 r. ks. Kruszyński został profesorem biblistyki na Uniwersytecie Lubelskim. Rok później uzyskał habilitację na Uniwersytecie Jagiellońskim. Stopień doktora świętej teologii nadała mu w 1928 r. Kongregacja Seminariów i Uniwersytetów w Rzymie. Gdy w 1925 r. został rektorem UL (zmiana nazwy na Katolicki Uniwersytet Lubelski nastąpiła w 1928 r.), podjął starania o zapewnienie uczelni środków materialnych. Wtedy też wybudowano gmachy uniwersyteckie i kościół akademicki. Szkoła zyskała prawa państwowe, zatwierdzono jej statut. Rektorem KUL był do 1933 r. Angażował się w ruch studencki, o czym świadczy korespondencja ze Studenckim Kołem Naukowym Historyków UW. Był też filistrem honorowym (tj. członkiem wspierającym) Korporacji Akademickiej Concordia.
Patriota i duszpasterz
Lata drugiej wojny światowej ks. Kruszyński spędził w Lublinie. Początkowo, z grupą księży był więziony na Zamku Lubelskim. Od 20 listopada 1940 r. do 24 września 1945 r. pełnił funkcję administratora diecezji, nominowany przez internowanego biskupa lubelskiego Mariana Fulmana. Zachował się tekst jego przemówienia do Polskiego Radia o powstaniu warszawskim. Dodawał w nim otuchy walczącym, zapowiadał pomoc materialną Komitetu Obywatelskiego.
Po wojnie zrezygnował z pracy na KUL i jako jego profesor honorowy Wydziału Teologicznego wrócił do Włocławka. Podjął pracę w seminarium duchownym jako wykładowca biblistyki. Został oficjałem Sądu Kościelnego i wikariuszem generalnym (tymczasowo) oraz prałatem-scholastykiem kapituły katedralnej. Był też kustoszem katedry, a od czasu utworzenia parafii katedralnej, do 22 lipca 1949 r. – jej proboszczem. Kierował odbudową świątyni ze zniszczeń wojennych, uzupełnił wyposażenie zakrystii. Na krótko przed śmiercią został oskarżony przez reżimowy tygodnik „Przegląd Kulturalny” (29 stycznia–4 lutego 1953) o sprzyjanie hitlerowcom i wrogość wobec Armii Czerwonej. Rzekomo miał wydać 22 maja 1943 r. antyradziecką ulotkę.
Ks. Józef Kruszyński zmarł 10 sierpnia 1953 r. we Włocławku. Kościół wyróżniał go godnościami aż po godność infułata. W uznaniu zasług, został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.