„Na tamie we Włocławku zakończyła się męczeńska droga ks. Jerzego. I tam jego świadectwo jest […] pielęgnowane. Przez sanktuarium zaś rozumie się kościół czy inne miejsce święte, do którego pielgrzymują ludzie wierni” – napisał w dekrecie ustanawiającym Sanktuarium Męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki biskup diecezjalny włocławski Wiesław Alojzy Mering.
Rangę sanktuarium zyskał kościół wzniesiony niedawno w parafii Matki Bożej Fatimskiej. Dekret księdza biskupa odczytał wiernym w niedzielę 5 czerwca, w pierwszą rocznicę beatyfikacji ks. Popiełuszki, podczas Mszy św. koncelebrowanej, kanclerz Kurii Włocławskiej ks. prałat Artur Niemira. Liturgii mszalnej sprawowanej przez kapłanów ze Zgromadzenia Braci Pocieszycieli z Getsemani przewodniczył pasterz diecezji. On też wmurował w ścianę sanktuarium kamień węgielny ze Skały Konania w Jerozolimie i wygłosił homilię na temat znaczenia świętości dla chrześcijańskiego życia. Mówił o świętości zwyczajnej, tj. tworzonej w namacalnej rzeczywistości i tę rzeczywistość tworzącą. Świętości – jak to miało miejsce w życiu ks. Popiełuszki – będącej świadectwem wierności Chrystusowi; wyrazem mocy czynienia dobra, miłości bliźniego, radości, pokoju i braterstwa. – Nie musiał ginąć. Potrafił oddać swoje życie w imię wartości: w obronie wolności i godności człowieka – mówił ks. bp Mering. Wspomnijmy, że w Mszy św. uczestniczyli kapłani diecezjalni, a także m.in. parlamentarzyści, przedstawiciele władz wojewódzkich i miejskich.
Szczególnym kultem w świątyni otoczone są relikwie bł. ks. Jerzego. Powstającemu sanktuarium przekazał je w niedzielę 12 września 2010 r., podczas dziękczynienia diecezji włocławskiej za beatyfikację męczennika, metropolita warszawski kard. Kazimierz Nycz. Jako wyjątkowy dar, przypominają wiernym o chrześcijańskim powołaniu jakim jest dążenie do świętości.
Budowa świątyni trwała 14 miesięcy; obecnie trwają prace wykończeniowe. Kustoszami sanktuarium są kapłani ze Zgromadzenia Braci Pocieszycieli z Getsemani (duszpasterze parafii Matki Bożej Fatimskiej). Prowincjał zgromadzenia o. Świerad M. Pettke CCG wstawiennictwu bł. ks. Jerzego przypisuje nie tylko krótki czas budowy, ale w ogóle fakt wzniesienia świątyni. – My, bracia pocieszyciele, głęboko wierzymy w jego orędownictwo – zaznacza.
Po beatyfikacji ks. Popiełuszki wzmógł się ruch pielgrzymkowy do miejsca przy wiślanej tamie, gdzie ustawiony jest wielkich rozmiarów krzyż. Ufajmy, że Sanktuarium Męczeństwa bł. ks. Jerzego Popiełuszki utwierdzi nas w wierze, umocni w jedności, udoskonali w miłości i podtrzyma w nas nadzieję. Niech z woli Bożej ziści się przeświadczenie ks. bp. Meringa o tym, że owocem sanktuarium będą nowi święci, którzy przy relikwiach błogosławionego będą się uczyli świętości.