Losy powstańczej Warszawy dzieliły jej kościoły. Dawały schronienie, były miejscem walk, niektóre adaptowano na lazarety; m.in. kościół św. Jacka Odrowąża przy ul. Freta. Wspaniała barokowa świątynia, wzniesiona w latach 1603–1639, od początku była siedzibą konwentu braci z Zakonu Kaznodziejskiego (dominikanów).
Istniejący w kościele św. Jacka od 16 sierpnia do 7 września 1944 r. szpital był filią Centralnego Powstańczego Szpitala Chirurgicznego z ul. Długiej. Funkcję komendanta pełnił por. dr med. Franciszek Szumigaj. Cierpiącymi zajmowali się również mjr dr Cyryl Gubarewski, dr med. Kazimierz Sroczyński i dr med. Leon Uszkiewicz oraz zespół pielęgniarek.
Stanisław Podlewski ps. „Skoczek”, tak zapamiętał rzeczywistość szpitala: „Przez otwory i wyrwy w stropie coraz wpada światło rakiet i oświetla wysokie ściany i ołtarze. Przy jednym z nich kapłan w ornacie siwym od kurzu odprawia Mszę św. Wątłe światełka ogarków pełzają po wymizerowanych twarzach rannych i chorych. Na stopniach bocznego ołtarza lekarz dokonuje skomplikowanej operacji. Przy blasku świecy kraje rannego na żywca, bez narkozy. Dwóch chłopców trzyma rannego za ręce i nogi. Płomień miga od przeciągu, choć sanitariusz przesłania go dłonią. W rozbitym konfesjonale siedzi młoda matka z niemowlęciem. Głodne maleństwo zanosi się od płaczu. Krzyk maleństwa i rozdzierający ryk operowanego”.
2 września Niemcy wkroczyli na Powiśle. Rozpoczęły się zintensyfikowane ataki na kościół i szpital. Dzięki swym szpiegom hitlerowcy wiedzieli, że w dominikańskim kompleksie klasztornym znalazło schronienie wielu chorych, powstańców i cywili. Kierownictwo szpitala podjęło decyzję o ewakuacji przebywających tu osób. Na miejscu pozostali tylko najciężej ranni. Bombardowanie kościoła i ostrzał artyleryjski spowodowały zawalenie się sklepienia nawy i zakrystii. Zniszczeniu uległy zabudowania klasztorne. Dzieła zniszczenia dopełnił pożar. Świątynia została niemal zrównana z ziemią. Ocalała marmurowa kaplica Kotowskich (obecnie jest tam czczony obraz Matki Bożej Różańcowej przywieziony z Czortkowa na Kresach), pojedyncze epitafia i nagrobki. Pod gruzami zginęło ponad tysiąc powstańców i osób cywilnych.
W warszawskim konwencie dominikanów żył o. Michał Czartoryski OP (Jan Franciszek książę Czartoryski). Jako oficer Wojska Polskiego walczył w wojnie polsko-bolszewickiej. Ukończył Politechnikę Lwowską. 20 grudnia 1931 r. przyjął święcenia kapłańskie w Zakonie Kaznodziejskim. Brał udział w budowie kościoła i klasztoru Dominikanów na Służewcu, był magistrem nowicjatu. 1 sierpnia przebywał na Powiślu i nie zdołał przedostać się do swojej wspólnoty. Zgłosił się do dowództwa walczącego na Powiślu III Zgrupowania AK „Konrad”. Kpt. Julian Szawdyn ps. „Niewiadomski” mianował go kapelanem grupy bojowej „Krybar”. Bezpośredniością, głębokim życiem duchowym i poczuciem humoru ojciec kapelan zjednał sobie żołnierzy. W pierwszą niedzielę powstania 6 sierpnia odprawił uroczystą Mszę św. Ołtarz polowy urządzono na dziedzińcu budynku Związku Nauczycielstwa Polskiego przy ul. Smulikowskiego. Po wkroczeniu Niemców na Powiśle przyszedł rozkaz wycofania się powstańców do Śródmieścia. W szpitalu polowym Zgrupowania „Konrad” (mieścił się w piwnicach zakładów „Alfa-Laval” pozostał o. Czartoryski z kilkoma osobami z opieki medycznej, aby opiekować się najciężej rannymi. 6 września do szpitala wkroczyli esesmani. Ewakuowali do swojego szpitala pielęgniarki i sanitariuszki, rozstrzelali 11 rannych, o. Michała Czartoryskiego oraz 30 cywilów: mieszkańców Powiśla, z których wcześniej utworzyli tzw. żywą tarczę. Zwłoki oblali benzyną i spalili.
13 czerwca 1999 r. o. Michał Czartoryski został beatyfikowany przez Jana Pawła II w Warszawie, jako jeden z grona 108 męczenników za wiarę w latach II wojny światowej.