Wiekowe i nowe
W 2003 r. wymieniono parkiet w sali gimnastycznej, wyremontowano stołówkę i odgrzybiono świetlicę. Przestronną szatnię wyposażono w szafki na odzież i książki, przywrócono dawny blask auli, rozpoczęto remont internatu. W 2005 r. nastąpiła wymiana pokrycia dachowego i remont pokoju nauczycielskiego; rok później – generalny remont korytarzy i holu głównego, w 2007 r. gmach otrzymał nową elewację. W planach jest rozbudowa sali gimnastycznej.
Dla podniesienia bezpieczeństwa uczniów wprowadzono monitoring. Sale lekcyjne wyposażono w tablice interaktywne. W świetnie funkcjonującej bibliotece urządzono również stanowiska komputerowe z dostępem do internetu. Biblioteczny księgozbiór powstał dzięki darowiznom dawnych długoszaków (m.in. Jerzego Pietrkiewicza i bp. Romana Andrzejewskiego). W 2004 r. biskup włocławski Wiesław Mering poświęcił pierwsze oddane do użytku pomieszczenia internatu. Regulamin tej placówki opracował ks. kierownik Jacek Buda. Wychowankowie wybierają samorząd i uczestniczą w pracach sekcji: kulturalnej, naukowej, gospodarczej i sportowej. Jest też sąd koleżeński. Wszystkie te organy tworzą Młodzieżową Radę Internatu. Młodzież pod opieką Anety Wąsik angażuje się w działalność Teatru „Echo”. W 2005 r., w domu Sióstr Wspólnej Pracy przy ul. Orlej powstała filia internatu dla dziewcząt.
Nauczyciele
W skład 60-osobowego grona pedagogicznego wchodzą również wychowawcy internatu, pedagog i psycholog. Stanowią zespół młody i niezwykle kreatywny. Nauczyciele są egzaminatorami Okręgowej Komisji Egzaminacyjnej w Gdańsku, autorami projektów i programów nauczania, twórcami innowacji pedagogicznych. O wartości dorobku pracy pedagogów świadczą przyznawane im Medale Komisji Edukacji Narodowej.
Vita sine litteris mors est
Społeczność szkolna liczy prawie 700 uczniów. W gimnazjum istnieje klasa z rozszerzonym programem nauczania matematyki i fizyki; liceum ma klasy matematyczno-fizyczne z możliwością wyboru rozszerzonego nauczania geografii, klasy humanistyczne i biologiczno- chemiczne. Długoszacy uczą się łaciny, mogą wybrać dwa spośród języków nowożytnych (angielski, niemiecki lub francuski). Są też prowadzone zajęcia pozalekcyjne z języka rosyjskiego. Ważnym aspektem pogłębiania wiedzy uczniów jest współpraca ze szkołami wyższymi. Młodzież rozwija zainteresowania i zdolności również dzięki zajęciom pozalekcyjnym, z których najdłuższą tradycję ma Koło Europejskie EURODŁUGOSZ. Przez kilka lat członkowie koła dziennikarskiego wydawali gazetę „Długoszak”; wielu uczniów odniosło i odnosi sukcesy sportowe. Cieszą nas ich wyniki w gimnazjalnych konkursach przedmiotowych (w ciągu dziesięciu lat 25 gimnazjalistów zostało laureatami). Wyniki egzaminu gimnazjalnego są w Długoszu zawsze znacznie wyższe niż średni wynik we Włocławku czy w województwie kujawsko-pomorskim. Licealiści mogą się szczycić niezłymi wynikami matur. Do cennych osiągnięć należą zdobyte tytuły laureatów i finalistów olimpiad: teologicznej, mediewistycznej, języka rosyjskiego.
Od 2003 r. organizowane są Dni Kultury Chrześcijańskiej, których gośćmi byli m.in. dr Wanda Półtawska, o. Leon Knabit OSB, o. Karol Meissner OSB. Prężnie działa duszpasterstwo nauczycieli i wychowawców. ZSK im. ks. Jana Długosza jest członkiem Rady Szkół Katolickich. Przejawem więzi diecezji włocławskiej z naszą szkołą jest uczestnictwo biskupa włocławskiego Wiesława Meringa we wszystkich ważnych dla długoszaków wydarzeniach.
Dewizę placówki stanowi wykuta na frontonie gmachu łacińska sentencja Vita sine litteris mors est (życie bez nauki jest śmiercią). Choć od reaktywacji Szkoły Długosza minęło zaledwie dziesięć lat, to wychowała już ona wielu młodych ludzi. Ufamy, że przysłużą się Polsce i Kościołowi tak dobrze, jak ich dawni poprzednicy.