Nova et vetera
Reaktywując na początku XXI w. Szkołę Długosza, należało określić jej charakter. Specjalna komisja kierowana przez bp. Romana Andrzejewskiego zdecydowała o otwarciu szkoły koedukacyjnej, która niejako „połączyłaby” wszystkie przedwojenne placówki. Po to, by jak napisał ks. biskup: „do starego Długosza wnieść nova et vetera (rzeczy nowe i stare): wolę pielęgnowania nieśmiertelnych wartości Boskich i ludzkich oraz odwagę konfrontowania z nimi duchowych potrzeb Polaków XXI w.”Bezpłatna i nierejonowa szkoła będzie kształcić młodzież w duchu katolickim.
22 listopada 2000 r. dyrektorem gimnazjum mianowano ks. dr. Jacka Kędzierskiego, który przystąpił do propagowania nowej instytucji w diecezji. W grudniu spotkał się z księżmi dziekanami, wydał folder promujący szkołę. Akcja przyniosła nadspodziewany efekt. Zgłosiło się 355 chętnych, z których przyjęto 150 (90 proc. ze średnią ocen powyżej 5,0). By skompletować grono nauczycieli, musiała powstać komisja: tak wiele osób wyraziło chęć pracy w Długoszu. 16 czerwca 2001 r. w auli Wyższego Seminarium Duchownego odbyło się pierwsze spotkanie rodziców z bp. Andrzejewskim, ks. dyrektorem Kędzierskim i nauczycielami. Przedstawiono program funkcjonowania placówki, który zakłada m.in. naukę łaciny i tańca czy wprowadzenie granatowych mundurków z godłem szkoły na górnej kieszeni marynarki (żakietu). Rodziców poinformowano, że o postępach dzieci w nauce będą się mogli dowiedzieć podczas odbywających się co miesiąc tzw. śród u Długosza. Nawiązując do przedwojennej tradycji, postanowiono wydawać Rocznik szkoły.
Los sprzyja dzielnym
Budynek przy ul. Łęgskiej nadal pozostawał w gestii Zespołu Szkół Samochodowych. Gmach był zrujnowany, dlatego fundacja zaczęła gromadzić środki na remont. W mediach, zwłaszcza w „Ładzie Bożym”, bp Andrzejewski apelował o wsparcie gimnazjum. Najwięcej ofiar pochodziło od duchowieństwa; długoszacy ofiarowywali szkolne pamiątki. Prawdą jest, że los sprzyja dzielnym (fortuna favet fortibus): 2 lipca 2001 r., po przejęciu gmachu przez Kościół, można było rozpocząć remonty sal lekcyjnych i innych pomieszczeń. 7 marca 2002 r. odbyła się uroczystość poświęcenia kaplicy szkolnej; jej wnętrze zaprojektował ks. Piotr Sierzchała, diecezjalny konserwator zabytków. Obraz św. Kazimierza Królewicza, patrona kaplicy i wychowanka ks. Jana Długosza, ufundował ks. kan. Andrzej Ciapciński.
Dziedzice idei
Po 52 latach przerwy, 3 września 2001 r., nastąpiła inauguracja roku szkolnego w odrodzonej Szkole Długosza. Po Mszy św. wychowawcy klas, uczniowie i ich rodzice przenieśli z auli do sal nowo poświęcone krzyże. Główna uroczystość odbyła się 16 października; Eucharystii przewodniczył bp włocławski Bronisław Dembowski, koncelebrowali biskupi: Czesław Lewandowski, Stanisław Gębicki i Roman Andrzejewski. Krótkie mowy wygłosili m.in. kurator oświaty Domicela Kopaczewska, prezydent Włocławka Stanisław Wawrzonkoski, jak również Stanisław Wyganowski, długoszak, prezydent Warszawy w latach 1990-1994. Niestety, zaginął stary sztandar szkoły. Nowy, ufundowany przez ks. prałata Józefa Frątczaka, wyhaftowany przez siostry westiarki z Włocławka, uczniowie przejęli od ostatniego pocztu sztandarowego dawnego Długosza. Podczas uroczystości odsłonięto również tablicę upamiętniającą dawnych uczniów i nauczycieli, a także po raz pierwszy odśpiewano publicznie hymn szkoły „Nuova Vita”. Słowa napisał Jerzy Pietrkiewicz, prozaik i poeta, maturzysta Długosza z 1934 r.
Inauguracja działalności liceum nastąpiła 16 listopada 2002 r. Na Mszy św. w katedrze zebrało się wówczas 403 uczniów: 330 gimnazjalistów i 73 licealistów. Z perspektywy dziesięciu lat wiadomo na pewno, że Zespół Szkół Katolickich we Włocławku im. ks. Jana Długosza stanowi bardzo istotny element rzeczywistości miasta i diecezji.