9 listopada 1997 r. wszedł w życie dekret biskupa włocławskiego Bronisława Dembowskiego z 28 października 1997 r.; na jego mocy we Włocławku przy ul. Płockiej erygowana została parafia pw. Matki Bożej Fatimskiej.
Nowa, 254. parafia diecezji włocławskiej, wydzielona została z północno-wschodniej części parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa we Włocławku. Tak jak parafia macierzysta, należy do dekanatu włocławskiego drugiego. Uroczystość odpustowa w par. Matki Bożej Fatimskiej obchodzona jest każdego roku 13 maja. Duszpasterstwo i prowadzenie parafii, „z budowaniem kościoła parafialnego włącznie”, pasterz diecezji powierzył Zgromadzeniu Braci Pocieszycieli z Getsemani.
Pierwszym proboszczem par. Matki Bożej Fatimskiej mianowany został o. Ludwik M. Pociask CCG, który wcześniej, na mocy dekretu
bp. Dembowskiego z 28 grudnia 1996 r., będąc wikariuszem par. NSPJ we Włocławku, otrzymał misję tworzenia samodzielnego ośrodka duszpasterskiego przy ul. Płockiej. Powitanie duszpasterza nastąpiło 1 stycznia 1997 r. w filialnej kaplicy Niepokalanego Poczęcia NMP w Modzerowie. Od tego też czasu w kaplicy tej bracia pocieszyciele z Getsemani pełnią posługę duszpasterską wśród wiernych z Modzerowa i okolic.
Rzeczywistość dotycząca budowy kościoła okazała się trudna: władze świeckie zachowywały powściągliwość wobec zabiegów i starań Kurii Diecezjalnej Włocławskiej o wskazanie terenu pod budowę, określenie kwestii prawa własności itp. W połowie kwietnia 1997 r. sprawy te zostały załatwione, natomiast 6 sierpnia odbyło się pierwsze spotkanie
o. Ludwika M. Pociaska z parafianami, dotyczące postawienia tymczasowej kaplicy. „Było dosyć dużo problemów, ponieważ nie było zaplecza gospodarczego, żadnych materiałów i narzędzi, ale w pogotowiu był zaopatrzeniowiec, o. Ludwik, a pracą na budowie w skuteczny sposób dyrygował o. Tomasz Prajzendanc. W widoczny sposób pomagali inni współbracia z naszego zgromadzenia. Bardzo duży wkład w budowę kaplicy wnieśli parafianie przez codzienną pomoc i prace porządkowe” – czytamy w kronice parafii.
Barak kaplicy parafia otrzymała od par. NMP Królowej Polski we Włocławku, gdzie służył przez 11 lat. Należało go zdemontować, poddać niezbędnym naprawom, po czym złożyć elementy w całość i ustawić na betonowych podkładach. Pomocą i dobrą radą zawsze chętnie służył proboszcz par. NMP Królowej Polski ks. prał. Teodor Lenkiewicz. Pomocny był też ówczesny radny Władysław Skrzypek, jak również włocławska „Hydrobudowa” i dyrekcja Zakładu Karnego we Włocławku Michelinie, gdzie bracia pocieszyciele z Getsemani pełnili (i nadal pełnią) posługę duszpasterską. Pracujących wspierano modlitwą; w sposób szczególny czyniły to siostry karmelitanki z domu we Włocławku Michelinie.
Jeszcze nie w pełni wykończoną kaplicę oraz tabernakulum i stacje Drogi Krzyżowej, 12 września 1997 r. poświęcił bp pomocniczy Roman Andrzejewski. W tej ważnej uroczystości, z braćmi pocieszycielami, ich przełożonym prowincjalnym o. Świeradem Pettke CCG i parafianami, uczestniczyli m.in.: ks. inf. Leonard Urbański, ks. prał. Teodor Lenkiewicz, ks. dziekan Stanisław Grabowski, księża orioniści z proboszczem par. NSPJ ks. Lechem Klejmontem, siostry zakonne z różnych zgromadzeń, delegacje zaprzyjaźnionych firm i zakładu karnego. Po Mszy św. bp Andrzejewski napisał w kronice parafii: „Z całego serca błogosławię młodej wspólnocie parafialnej pw. Matki Bożej Fatimskiej we Włocławku [...]. Niech Bracia Pocieszyciele z Getsemani i wszyscy parafianie z ufnością, nie tracąc nigdy nadziei, przystąpią do tworzenia Chrystusowej Wspólnoty!”.
Życzeniu księdza biskupa stało się zadość: począwszy od 12 września 1997 r. w kaplicy codziennie sprawowana jest Eucharystia. Z końcem września duszpasterze zamieszkali w wynajętych od „Hydrobudowy” pomieszczeniach, nieopodal kaplicy. Od 2 października rozpoczęto godzinną adorację nocną ku czci Pana Jezusa modlącego się w Getsemani; jest to adoracja zakonna (odbywa się w czwartki), ale uczestniczą w niej również wierni świeccy. Niebawem w kaplicy podjęto codzienną, godzinną adorację przed Mszą św. wieczorną.