Narady, studia i prace
Obrany 28 października 1958 r. na papieża Jan XXIII, trzy miesiące po konklawe ogłosił zamiar zwołania soboru powszechnego celem dostosowania dyscypliny kościelnej do wymogów czasu, uwspółcześnienia (aggiornamento) m.in. poprzez odnowienie Kościoła i powrót do źródeł. Na soborze miały być też omówione sprawy związane z udziałem świeckich w Kościele. Decyzja papieża stanowiła gest przyjaźni skierowany do wiernych różnych wspólnot wyznaniowych. Świadczy o tym data ogłoszenia decyzji o zwołaniu soboru: 25 stycznia 1959 r. Był to dzień zakończenia Oktawy Jedności między Kościołami.
Początkowo sądzono, że sobór zrealizuje cele podczas jednej lub dwóch sesji. Tymczasem trwał on cztery lata i był jednym z najdłuższych w dziejach Kościoła.
Bezpośrednie przygotowania do II Soboru Watykańskiego odbywały się w dwóch fazach. W maju 1959 r. papież powołał Komisję Przedprzygotowczą. Jej zadaniem było uzyskanie opinii wszystkich biskupów, przełożonych zakonnych oraz uczelni katolickich. Od przewodniczącego komisji kard. Domenico Tardiniego otrzymali oni ankietę dotyczącą zagadnień, które miały być podejmowane w toku obrad. Do połowy 1960 r. na ankietę odpowiedziało 77 proc. ogółu adresatów. Wyrażane opinie dotyczyły potępienia wszelkich przejawów zła, zachowania status quo oraz prośby o definicję doktryny teologicznej, zwłaszcza dotyczącej Bogurodzicy. Nie ukrywano obaw przed komunizmem; niektórzy wzywali do potępienia tej ideologii. Nadesłane postulaty, opracowane w 13 woluminach, miały stanowić materiał do pracy komisji przedsoborowych.
W święto Zesłania Ducha Świętego (5 czerwca 1960 r.) papież Jan XXIII zainaugurował druga fazę prac przygotowawczych. Ustanowiono 10 komisji i trzy sekretariaty. Ponad tą strukturą istniała Centralna Komisja Przygotowawcza. Jej przewodniczącym był papież, który mianował jej sekretarzem generalnym msgr. Pericle Feliciego. Komisja koordynowała działania innych grup, nadzorowała ich prace i ustalała teksty mające wartość dla soboru.
Po dwóch latach pracy uzyskano 75 projektów tematycznych, które zredukowano do 20 schematów. Trzy miesiące przed rozpoczęciem soboru Jan XXIII zdecydował o rozesłaniu siedmiu schematów (projekty konstytucji i dekretów) do wszystkich ojców soboru.
Małe ziarno, wspaniałe drzewo
Konstytucją apostolską Humanae salutis z 25 grudnia 1961 r. papież Jan XXIII zwołał XXI sobór powszechny do bazyliki św. Piotra. Nieco później na dzień uroczystego otwarcia wyznaczył 11 października 1962 r. Na sobór zostali zaproszeni wszyscy biskupi obrządków katolickich (ze 116 państw) i przełożeni generalni zakonów męskich. Za pośrednictwem Sekretariatu ds. Jedności Chrześcijan zaproszono – jako urzędowych obserwatorów – około stu przedstawicieli wspólnot niebędących w jedności ze Stolicą Apostolską. Komunistyczne władze Chin, Korei Północnej i Wietnamu Północnego zabroniły swoim episkopatom udziału w soborze. Utrudniony był też udział biskupów z krajów zza żelaznej kurtyny. W soborze wzięło udział 484 doradców, teologów i ponad tysiąc dziennikarzy.Zorganizowanie soboru wiązało się z kosztami. Pomoc w tej mierze okazała Konferencja Episkopatu Niemiec oraz katolicy z USA i Kanady.
Wzmocnić wiarę nowymi siłami
Zgodnie z wolą Ojca Świętego soborowi miało przewodniczyć prezydium złożone z dziesięciu kardynałów. W ich liczbie był prymas Polski kard. Stefan Wyszyński. Od początku obrad większość ojców soborowych, reprezentowana głównie przez episkopaty północnoamerykańskie i europejskie, była przeciwna centralizacji władzy w Kościele, zwracała uwagę na realia współczesnego świata i dialog ekumeniczny. Mniejszość, przywiązana do stabilności i tradycji, reprezentowana przez Kurię Rzymską, episkopaty Włoch, Hiszpanii i krajów Ameryki Łacińskiej, opowiadała się za integralnym depozytem wiary.