Główne zmiany, jakich dokonał Paweł VI, można zasadniczo sprowadzić do trzech: - nowe określenie odpustu częściowego; - zredukował ilość możliwości zyskiwania odpustów zupełnych; - praktycznie usunął tzw. odpusty rzeczowe i lokalne, związane z rzeczami czy miejscami.
Do tej reformy przepisów dotyczących odpustów wielkość odpustu częściowego w praktyce Kościoła określano miarą czasową, a więc mierzoną dniami, miesiącami i latami. Pochodziła ona z taryf pokutniczych zawartych w średniowiecznych księgach pokutnych. Aktualnie udzielając odpustu częściowego, nie określa się liczby dni, miesięcy czy lat. Miara odpustu częściowego jest określona inaczej, a mianowicie: wierny, który z przynajmniej skruszonym sercem wypełnia czynność obdarzoną odpustem częściowym, zyskuje za pośrednictwem Kościoła takie odpuszczenie kary doczesnej, jakiego już dostąpił na mocy samej czynności (ID, nr 5). W takiej sytuacji można stwierdzić, że czyn, z którym związany jest odpust częściowy, posiada podwójną wartość zadośćuczynienia, jedna ma swoje źródło w czynie jako takim, a druga pochodzi ze skarbca Kościoła. Obie te wartości są równe wobec siebie, a jednocześnie zmienne, zależnie od większej lub mniejszej wartości nadprzyrodzonej wykonanego czynu. Na wartość określonego czynu ma wpływ również gorliwość, zaangażowanie i możliwości tego, który dany czyn spełnia. To nowe spojrzenie na odpust częściowy zdecydowanie sprzyja rozwojowi osobistej pobożności. Dla wierzącego stało się jasne, że nie tylko należy zwracać uwagę na ilość spełnianych przezeń dzieł, ale także ich jakość.
Papież położył duży nacisk na samo uzyskiwanie odpustów, ograniczając jednocześnie ich liczbę. Przedstawiony przez niego Wykaz odpustów zawiera 70 pozycji różnych nadań odpustowych. Dla porównania, warto zauważyć, że wcześniej obowiązujący Wykaz odpustów mających charakter powszechny zawierał 781 pozycji. Do tego dochodziły odpusty partykularne.
Paweł VI doprowadził do zlikwidowania tzw. odpustów lokalnych i rzeczowych, związanych z miejscami czy rzeczami. Najpierw polecił w Konstytucji Apostolskiej Indulgentiarum doctrina, by odpusty udzielone zakonom, stowarzyszeniom, a także kościołom i kaplicom były na nowo przejrzane. Sporządzone wykazy należało w ciągu roku przedstawić do zatwierdzenia jednemu z trybunałów Stolicy Apostolskiej, jakim jest Penitencjaria Apostolska. Jeśli przedstawione wykazy nie otrzymały wymaganego zatwierdzenia, po upływie dwóch lat przestawały istnieć. Na skutek decyzji Pawła VI, popartej oczywiście licznymi konsultacjami z osobami kompetentnymi, zrezygnowano m.in. z odpustów związanych z tzw. "ołtarzem uprzywilejowanym". Ołtarzem uprzywilejowanym nazywano taki ołtarz, z którym był związany odpust zupełny dla dusz w czyśćcu cierpiących. Jeśli więc w intencji konkretnego zmarłego oczekującego w czyśćcu odprawiono Mszę św. przy takim ołtarzu, otrzymywał on ze skarbca Kościoła tyle zasług, ile było potrzebne do jego wybawienia z czyśćca. By móc zyskać odpust zupełny, Msza św. musiała być odprawiana w intencji tylko jednej osoby zmarłej. Obok przywileju związanego na stałe z określonym ołtarzem, znany był tzw. osobisty przywilej ołtarza uprzywilejowanego. Mieli go tylko niektórzy kapłani, a polegał on na tym, że celebrans ów zyskiwał odpust zupełny dla zmarłego, gdziekolwiek odprawiał Mszę św. w jego intencji. Takim przywilejem cieszyli się zasadniczo kardynałowie i biskupi. Paweł VI doprowadził do zaniechania tej praktyki związanej ze wspomnianymi przywilejami, twierdząc, że nie ma ona jasnego uzasadnienia teologicznego. Cóż więcej, poza aplikacją Mszy św. można ofiarować zmarłemu? Obecnie do każdej Mszy św. sprawowanej w intencji zmarłych jest dołączony odpust zupełny.
Zmiany dokonane przez Pawła VI w kwestiach związanych z odpustami były gruntowne, niemniej nie doszło do zaniechania nadawania odpustów za określone czyny, a wprost przeciwnie, położono nacisk na praktyczne uzyskiwanie odpustów dla siebie i osób zmarłych.