Konsekracja, czyli przekazanie świątyni na własność Bogu, to jeden z najważniejszych momentów w życiu każdej wspólnoty. Odnotowują go kroniki parafialne, a wierni jeszcze długo pamiętają podniosły nastrój skąpany w dymie kadzidła.
Kościół pw. św. Józefa Rzemieślnika konsekrował biskup Jan Tyrawa w szczególnej chwili – 15 października, podczas obchodów VI Dnia Papieskiego.
„Czy jednak naprawdę zamieszka Bóg na ziemi? Przecież niebo i niebiosa najwyższe, nie mogą Cię objąć, a tym mniej ta świątynia, którą zbudowałem”… A jednak. Bóg jest obecny pośród nas – nie tylko w drugim człowieku – ale także w miejscach, które sprzyjają kontemplacji i pozwalają na ucieczkę od miejskiego gwaru.
Proboszczem wspólnoty jest ks. Franciszek Nowakowski. Historia parafii, utworzonej na Małych Bartodziejach dla gminy ewangelicko-unijnej, sięga 1901 roku. Budynek kościoła jest nieco młodszy – prace przy jego wznoszeniu zakończono w 1905 roku. Małe Bartodzieje podlegały, jak większość bydgoskich dzielnic, parafii farnej. Dopiero w okresie międzywojnia zwrócono uwagę na potrzebę wybudowania świątyni katolickiej i utworzenia na tym obszarze nowego ośrodka duszpasterskiego. Komitet Budowy Kościoła wystąpił do gminy ewangelickiej z propozycją wykupienia zboru przy ul. Bełzy, jednak władze zwierzchnie w Berlinie nie wyraziły na to zgody. Na miejsce pod nowy kościół wybrano mury po fabryce tlenu – wrzesień 1939 roku przekreślił te plany. Dopiero w 1945 roku, kiedy sytuacja ewangelików w mieście poważnie się zmieniła i większość z nich wyemigrowała na teren dawnej Rzeszy, Komitet Obywatelski zezwolił ks. kanonikowi Janowi Konopczyńskiemu na przejęcie opuszczonego, poniemieckiego zboru. Kościół św. Józefa otrzymał tytuł kościoła rektorskiego i stał się filią fary. Nową, już samodzielną parafię erygowano dekretem z 1 października 1946 roku.
Przy kościele działa wiele wspólnot, m.in.: Grupa Charytatywna, Grupa Powołaniowa oraz Koło Matek Różańcowych. Parafia udostępnia również pomieszczenia bydgoskiemu oddziałowi Caritas.