W wyróżniającej się sklepieniem sali, nazwanej „dużą”, znalazły się różnorodne dary przekazane przez duchownych z całej diecezji, których nazwiska umieszczono na podpisach, i przez ofiarodawców pragnących zachować anonimowość. Są wśród tych darów m.in. pamiątki po Ojcu Świętym Janie Pawle II. Osobną salę przeznaczył ks. Piotr Sierzchała na wizerunki Matki Bożej. Ponadto oddzielnie umieszczono portrety trumienne i zbiór medali, które są najprawdopodobniej jedynymi eksponatami z dawnego muzeum.
Muzeum – atrakcyjne ze względu na artystyczną rangę zabytków, prezentuje tylko część przebogatych zbiorów diecezji. Jego otwarcie nie oznaczało bowiem przejmowania z kościołów wszystkich cennych dzieł sztuki. W parafiach, których świątynie słyną z wyjątkowych zabytków związanych z ich historią, z miejscem i ludźmi, którzy tam żyli, pozostawiono je na miejscu. Jeśli zabytkowe przedmioty mogą być nadal wykorzystywane w liturgii, mogą służyć kultowi, jeśli jest możliwość ich konserwacji i właściwego zabezpieczenia, a nawet eksponowania, nie powinny zmieniać miejsca. Tak jak na miejscu pozostały skarby katedry włocławskiej z pietyzmem przywracane swojej świetności z inicjatywy proboszcza parafii katedralnej ks. prał. Stanisława Waszczyńskiego. Zgromadzone w najważniejszej świątyni diecezji – są świadkami minionych zdarzeń, wiążą się z szacownymi fundatorami i jednocześnie mogą nadal służyć kościołowi.
Podczas ceremonii poświęcenia Muzeum Diecezjalnego biskup włocławski Wiesław Mering powiedział: – Muzeum ma uczyć młode pokolenia Polaków wrażliwości na piękno, na sztukę, na kulturę. We Włocławku słowa te powinny stanowić zachętę do zwiedzania Muzeum Diecezjalnego i pogłębiania wiedzy o historii i sztuce. Tym bardziej, że muzeum to, jak planuje ksiądz dyrektor, ma w planach wzbogacanie wystaw stałych i organizowanie ekspozycji czasowych, czyli propagowanie sztuki i poszerzanie kulturalnej oferty miasta.
Zarówno Muzeum Diecezjalne, jak i gmachy Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej usytuowane są blisko siebie i w pobliżu najważniejszych zabytków w mieście – katedry i wiekowych kościołów. Warto byłoby opracować wspólnie trasy zwiedzania i wydać szczegółowe informatory, ponieważ jak nic innego, zabytki w kościołach włocławskich, w Muzeum Diecezjalnym, w budynkach Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej ukazują dziedzictwo sztuki sakralnej i świeckiej od średniowiecza po czasy nam współczesne. Pokazują mieszkańcom i gościom przeszłość miasta, diecezji, regionu. Możliwość ich poznania może z pożytkiem służyć tak dziś potrzebnej i szeroko pojętej promocji miasta.