Naszą archidiecezję Ojciec Święty odwiedził w czasie swojego pontyfikatu dwukrotnie. Po raz pierwszy był w 1983 r., gdzie na poznańskich Łęgach Dębińskich podczas Mszy św. beatyfikował Urszulę Ledóchowską. Następnie odwiedził Poznań w 1997 roku. Czwartego czerwca tegoż roku nawiedził także sanktuarium św. Józefa w Kaliszu w diecezji kaliskiej.

Papież był wielkim czcicielem i orędownikiem kultu św. Józefa Kaliskiego. W homilii wygłoszonej dnia 4 czerwca 1997 r. na placu przed kaliskim sanktuarium wypowiedział następujące słowa: "Jakże raduję się, że tę Ofiarę Eucharystyczną sprawuję w sanktuarium św. Józefa. To sanktuarium ma bowiem szczególne miejsce w dziejach Kościoła i narodu". W słowach skierowanych po Mszy św. do licznie zgromadzonych pielgrzymów dodał: "Dziękuję św. Józefowi, że obrał sobie miejsce szczególnej swej obecności w Kaliszu. Szczęśliwa jest wasza diecezja, że ma tak potężnego patrona. Niechaj św. Józef wyprasza waszej diecezji i całemu Kościołowi w Polsce gotowość wiernego służenia zbawczej woli Bożej, aby za jego przykładem i wstawiennictwem mógł wiernie postępować drogami świętości i sprawiedliwości".

U źródła życia

Ojciec Święty, odprawiając przed bazyliką św. Józefa Mszę św., znaczną część homilii poświęcił rodzinie, w szczególności zaś obronie praw człowieka, prawa do życia. "Kościół broniąc prawa do życia, odwołuje się do szerszej, uniwersalnej płaszczyzny obowiązującej wszystkich ludzi. Prawo do życia nie jest tylko kwestią światopoglądu, nie jest tylko prawem religijnym, ale jest prawem człowieka. Najbardziej podstawowym prawem człowieka! Bóg mówi: "Nie będziesz zabijał!" (Wj 20, 13). Przykazanie to jest zarazem fundamentalną zasadą i normą kodeksu moralności, wpisanego w sumienie każdego człowieka".
Papież nawoływał wówczas wszystkich do solidarności z życiem. Wołanie to kierował do wszystkich rodaków, bez względu na przekonania religijne, kreśląc jednocześnie misję Kościoła. "Miarą cywilizacji - miarą uniwersalną, ponadczasową, obejmującą wszystkie kultury - jest jej stosunek do życia. Cywilizacja, która odrzuca bezbronnych, zasługuje na miano barbarzyńskiej. Choćby nawet miała wielkie osiągnięcia gospodarcze, techniczne, artystyczne oraz naukowe. Kościół, wierny misji otrzymanej od Chrystusa, mimo słabości i niewierności wielu swych synów i córek, konsekwentnie wnosił w dzieje ludzkości wielką prawdę o miłości bliźniego, łagodził podziały społeczne, przekraczał różnice etniczne oraz rasowe, pochylał się nad chorymi i nad sierotami, nad ludźmi starszymi, niepełnosprawnymi i bezdomnymi. Uczył słowem i przykładem, że nikogo nie można wykluczyć z wielkiej rodziny ludzkiej, że nikogo nie wolno wyrzucać na margines społeczeństwa. Obrona życia nienarodzonych jest konsekwencją tej wielkiej misji Kościoła".

Kalisz jest siedzibą utworzonej 25 marca 1992 roku przez Papieża Jana Pawła II diecezji kaliskiej. Rok później zostało powołane do życia Wyższe Seminarium Duchowne, kształcące kapłanów na potrzeby Kościoła i nowej diecezji. Budynek seminarium był wznoszony w latach 1993-1997 i uroczyście poświęcony przez Jana Pawła II 4 czerwca 1997 r. podczas papieskiej pielgrzymki do sanktuarium św. Józefa. Było to historyczne wydarzenie dla miasta i całej diecezji .