Wiadomość o klęsce wywołała wielkie poruszenie na dworze syryjskim. W tej sytuacji Lizjasz, pełniący funkcję regenta pod nieobecność Antiocha Epifanesa, postanowił osobiście złamać powstanie. Wyruszył na czele sześćdziesięciu pięciu tysięcy żołnierzy i po przebyciu Niziny Nadmorskiej wszedł w Góry Judzkie, na południe od Jerozolimy.
Zdobycie Jerozolimy
Lizjasz wyciągnął wnioski z poprzednich klęsk. Juda uderzał zawsze z góry na obozujące w dolinie oddziały syryjskie, dlatego tym razem opanował górską drogę wiodącą z Hebronu do Jerozolimy i mógł się czuć bezpieczny przed niespodzianym atakiem Judy. Zdobywszy miejscowość Betsur, oddaloną o 28 km od Jerozolimy, natknął się na wojska Judy liczące tylko dziesięć tysięcy ludzi. Mimo liczebnej przewagi Lizjasz nie zdołał pokonać powstańców. Wprawdzie bitwa zakończyła się bez określenia jednoznacznego zwycięzcy, ale Lizjasz pokonując góry, wycofał się do Antiochii, by uzupełnić swe oddziały. Tę sytuację wykorzystał natychmiast Juda, który szybkim marszem wyruszył do Jerozolimy i opanował leżące naprzeciw zamku wzgórze świątynne. Tam zobaczyli, że świątynia jest spustoszona, ołtarz zbezczeszczony, bramy popalone, na dziedzińcu krzaki rozrośnięte jakby w lesie albo na jakiejś górze, a pomieszczenia dla kapłanów zamienione w ruinę.
Juda natychmiast zdecydował o przywróceniu świątyni do życia i wznowieniu przerwanego kultu Jahwe. Zbezczeszczony ołtarz usunięto, stawiając na jego miejscu nowy ołtarz ofiarny, cały teren oczyszczono i zaczęto odbudowę. Poświęcono na nowo budynek świątynny, do którego wniesiono nowo wykonane: świecznik, ołtarz kadzenia i stół na chleby ofiarne. Dokładnie tego samego dnia, w którym postawiono przed trzema laty posąg Zeusa, mianowicie 25. miesiąca Kislew (grudnia), zaczęto na nowo sprawować kult ku czci Boga Jahwe. Dzień ten ogłoszono Świętem Poświęcenia (Chanukka) dla wszystkich Żydów na wieczne czasy. Równocześnie Juda wzniósł mur dokoła świątyni umocniony wieżami, aby zabezpieczyć na przyszłość to święte miejsce przed podobną profanacją.
Dalsze losy wojny
Wiadomość o tym, że powstańcy żydowscy zwyciężyli armię syryjską i opanowali Jerozolimę, sprowokowała w regionach sąsiadujących z Judeą falę nienawiści i prześladowań Żydów ze strony pogan. Juda podjął błyskawiczną decyzję: należy uchronić rodaków przed atakami i śmiercią. Sam wyruszył na czele licznego oddziału do Idumei i do Gileadu, przyprowadził stamtąd prześladowanych Żydów i osiedlił ich w Judei. Podobnie uczynił jego brat Szymon. Na czele innego oddziału powstańczego dotarł aż do Galilei i bezpiecznie sprowadził swych rodaków do ojczystej Judei.
Wszystkie te działania były możliwe, gdyż w tym samym czasie umarł na Wschodzie Antioch Epifanes IV. Na łożu śmierci oddał insygnia władzy królewskiej swemu przyjacielowi Filipowi. Jednak na wieść o śmierci króla dotychczasowy regent Lizjasz szybko przejął władzę, koronując małoletniego syna Antiocha Epifanesa – Antiocha V. Zaczęła się walka o panowanie, której ostatecznymi zwycięzcami okazali się powstańcy machabejscy i Rzymianie.
Obaj pretendenci do tronu nie mieli czasu, by zajmować się Żydami. Tę sytuację wykorzystał Juda. Jedyną pozostałością po okupacji syryjskiej był garnizon wojskowy na zamku jerozolimskim – Akrze, położony na wzgórzu przy świątyni. Juda rozpoczął oblężenie. Niektórzy z obrońców przedarli się jednak i dotarli do Lizjasza. Nie chcąc stracić panowania nad Palestyną, Lizjasz ponownie wyprawił się przeciw powstańcom. Przemaszerował tą samą drogą, co poprzednio, zamierzając zaatakować ich od południa. Mimo rozpaczliwej obrony, podczas której zginął Eleazar, brat Judy, pokonał Machabeusza pod Betsur, na południe od Jerozolimy. Wojska Judy wycofały się do Świątyni Jerozolimskiej i tam podjęły obronę. Sytuacja ich była beznadziejna.
Próba zawarcia pokoju
Jednak Opatrzność pospieszyła z pomocą. Z Antiochii doszły wieści, że pretendent do tronu, Filip, zbliża się do stolicy. Lizjasz wiedział, że będzie zmuszony do zaniechania oblężenia, by utrzymać władzę w Syrii, dlatego przekonywał swoje wojsko i małoletniego króla tymi słowami: Podajmy prawicę tym ludziom, zawrzyjmy pokój z nimi i z całym ich narodem. Pozwólmy, niech postępują zgodnie ze swoimi obyczajami, tak jak to robili poprzednio. Rozgniewali się oni bowiem i zrobili to wszystko z powodu tych obyczajów, których myśmy im zakazywali. Lizjasz pospiesznie rozpoczął pokojowe rozmowy z Judą. Przyrzekł zostawić Żydom zupełną wolność religijną, wycofując zarządzenia Antiocha Epifanesa i żądając jedynie zburzenia murów wokół świątyni oraz uznania panowania syryjskiego. Juda przystał na te żądania, ponieważ jedynym celem powstania było uzyskanie wolności religijnej – i to udało się uzyskać. Po czterech latach krwawych walk wydawało się, że nareszcie nastanie pokój na tej udręczonej ziemi. Armia syryjska opuściła tereny Judy, a Juda zwolnił swoje oddziały. Lizjasz pokonał Filipa i z Antiochii przysłał list potwierdzający układ pokojowy.
Niestety, kilka miesięcy później, w wyniku zamachu stanu, zginął Lizjasz i Antioch V, a tron objął Demetriusz, bratanek Antiocha Epifanesa. Nie uznał on zawartych układów i wojna rozpoczęła się na nowo. Nawrócili go do niej Żydzi kolaboranci, którzy twierdzili: Jak długo żyje Juda, tak długo kraj ten nie zazna spokoju. Król wysłał armię i nowo mianowanego arcykapłana Alkimosa, kolaboranta i zdrajcę. Wojska syryjskie zaczęły planową eksterminację Żydów, którzy pozostali wierni Jedynemu Bogu. Nie było już mowy o pokoju i amnestii. Juda ponownie zaczął organizować wojsko, by podjąć walkę. Wysłany przez króla wódz Nikanor został pobity przez stale wzrastające w siłę oddziały powstańcze w wielkiej bitwie pod Bethoron 27 marca 160 r. p.Chr. i poległ. Odtąd na pamiątkę tego zwycięstwa Juda polecił obchodzić „dzień Nikanora”.
Juda rozpoczął również działalność dyplomatyczną. Wysłał poselstwo do Rzymu, by wynegocjować przymierze. Treść dokumentu była następująca: Jeżeli narodowi żydowskiemu wojna będzie zagrażała, wtedy Rzymianie, zależnie od tego, jak okoliczności będą im wskazywały, chętnie w walce będą im pomagali. W dokumencie nie wspomniano wprawdzie o obietnicy bezpośredniej pomocy zbrojnej, ale układ nakładał na Rzymian zobowiązania wywierania przynajmniej dyplomatycznego nacisku na Syryjczyków.
Śmierć Judy
Niestety, zanim traktat wszedł w życie, Juda poległ w swej ostatniej bitwie. Stoczył ją z dwudziestotysięczną armią syryjską pod wodzą Bakchidesa, pod miejscowością Beerot, 16 km na północ od Jerozolimy. Wojska Machabeusza były niezbyt liczebne – liczyły tylko trzy tysiące ludzi. Co gorsza, na widok przeważających sił wroga większość jego żołnierzy ze strachu zdezerterowała, zanim bitwa się rozpoczęła. Jednak Juda, świadomy pewnej klęski i przypuszczalnej swej śmierci, stwierdził: Przenigdy tego nie zrobię, abym miał przed nimi uciekać. Jeżeli na nas już czas, mężnie za naszych braci położymy życie. Nie pozwólmy niczego ująć z naszej chwały.
Juda Machabeusz stał się bohaterem dla swego narodu. Podjął walkę w sytuacji niemal beznadziejnej, ale przede wszystkim dlatego, że po sześciu latach walk oddał swe młode życie wierząc w powodzenie sprawy. Kronikarz napisał o nim: Reszta zaś tego, czego dokonał Juda, jego walk, bohaterskich czynów i wielkości jego, nie została spisana. Była bowiem zbyt wielka.