Od sześciu lat Wyższe Seminarium Duchowne we Włocławku znajduje się w strukturach Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. W roku akademickim 2006/2007 wykłady w WSD rozpoczęły się 3 października, natomiast uroczysta inauguracja odbyła się 11 października i została zainicjowana o godz. 15 Eucharystią w bazylice katedralnej. Przewodniczył jej biskup włocławski Wiesław Alojzy Mering, a celebransami byli: ks. bp pomocniczy Stanisław Gębicki i księża profesorowie WSD.
Do udziału w uroczystościach zaproszono władze UMK w Toruniu, wyższych uczelni włocławskich, gnieźnieńskich, konińskich i in. oraz władze Włocławka. Wraz z nimi o Boże błogosławieństwo i światło Ducha Świętego dla wspólnoty seminaryjnej modlili się księża pracujący w Kurii Diecezjalnej Włocławskiej, siostry zakonne, alumni i proboszczowie parafii, z których oni pochodzą, rodziny i przyjaciele alumnów. Homilię o znaczeniu modlitwy w życiu kapłanów i potrzebie świadectwa ich wiary wygłosił ks. dr Jacek Kędzierski, profesor teologii fundamentalnej w WSD.
Druga część uroczystości odbyła się w Auli Kardynała Wyszyńskiego. Schola seminaryjna pod dyrekcją ks. prał. Józefa Nowaka odśpiewała hymn „Gaude Mater Poloniae”. Następnie zebranych powitał rektor WSD we Włocławku ks. dr Jacek Szymański. Wysłuchano sprawozdania z działalności uczelni za ubiegły rok akademicki, które przedstawił wicerektor WSD ks. dr Zbigniew Zarembski, a następnie wykładu inauguracyjnego pt. „Od dyktatury relatywizmu do etyki wiary. Benedykta XVI propozycja etyczna dla Europy”, wygłoszonego przez ks. dr. Artura Niemirę, profesora teologii moralnej.
Zgodnie ze zwyczajem podczas inauguracji odbyła się inmatrykulacja alumnów pierwszego roku. Składając przysięgę, zobowiązują się oni urzeczywistniać wzniosłe ideały włocławskiej uczelni, ślubują wierność zasadzie sanctitati et veritati (świętości i prawdzie). Na zakończenie słowo do zebranych skierowali: prorektor ds. kształcenia i kadr UMK prof. dr hab. Andrzej Radzimiński, dziekan Wydziału Teologicznego UMK ks. dr hab. Jan Perszon, prezydent Włocławka Władysław Skrzypek i ks. bp dr Wiesław Alojzy Mering. Pasterz diecezji życzył wszystkim, aby „z pasją i zaangażowaniem przystąpili do nowego roku nauki i seminaryjnej formacji ku kapłaństwu”.
Ostatnim punktem programu było odśpiewanie hymnu „Gaudeamus igitur”, tradycyjnie wykonywanego podczas doniosłych akademickich uroczystości.