Urodził się 8 marca 1495 roku, jako syn Andrzeja Ciudada - skromnego portugalskiego rzemieślnika - i Teresy Duarte. Miał zaledwie 10 lat, kiedy rozstał się z domem rodzinnym. Osiadł w domu hiszpańskiego zarządcy owczarni. Kształcił się w szkole parafialnej i pomagał swemu opiekunowi, a kiedy osiągnął dojrzałość, zaciągnął się do armii. Wziął udział w wojnie hiszpańsko-francuskiej oraz kampanii tureckiej i przeżył wiele niebezpiecznych przygód. Ograbiony z powierzonych mu pieniędzy, został oskarżony o ich defraudację i skazany na śmierć; ocalał dzięki łaskawości dowódcy pułku. Po wydaleniu z wojska odbył spowiedź generalną i wyruszył do twierdzy Ceuta, gdzie zatrudnił się przy umacnianiu fortyfikacji. Później powrócił do Hiszpanii i w Gibraltarze utworzył księgarnię, a w 1538 r. przeniósł się do Granady. Po wysłuchaniu natchnionego kaznodziei Jana z Avilla zaczął tak gorliwie pokutować, iż uznano go za szaleńca i osadzono w zakładzie dla obłąkanych. Panowały tam straszne warunki, a metody leczenia przypominały tortury.
Po opuszczeniu zakładu został pielęgniarzem, a później - korzystając z rad Jana z Avilla - poświęcił się reorganizacji placówek szpitalnych. Kwestując na ulicach i po domach, gromadził środki dla swego szpitala: tworzył oddziały dla chorych, troszczył się o dobre warunki sanitarne i solidną opiekę medyczną. Wkrótce zgromadził grupę współpracowników, którzy dali początek jałmużniczemu zakonowi braci miłosierdzia, składających ślub dożywotniej posługi wśród chorych. Taki był początek bonifratrów, którzy z upływem czasu wyspecjalizowali się m.in. w leczeniu psychiatrycznym i ziołolecznictwie. Jan, dobry brat chorych i cierpiących, zyskał przydomek "Boży". Zmarł 8 marca 1550 roku, a kanonizowano go w 1690 roku.