Benedykt XVI dokonał kolejnych ważnych zmian w Kurii Rzymskiej.
9 czerwca mianował nowego prefekta Kongregacji dla Kościołów Wschodnich. Następcą kard. Ignace’a Moussy Daouda, który złożył rezygnację z uwagi na wiek (77 lat), został dotychczasowy substytut w watykańskim Sekretariacie Stanu abp Leonardo Sandri. W ostatnich dniach życia Jana Pawła II czytał on przemówienia przygotowane przez Papieża. To również on 2 kwietnia poinformował wiernych zgromadzonych na Placu św. Piotra, że „Jan Paweł II odszedł do domu Ojca”. Abp Sandri ma 63 lata i jest Argentyńczykiem. Powierzona mu dykasteria zajmuje się w imieniu Ojca Świętego katolickimi Kościołami wschodnimi. Jest ich łącznie 22 i skupiają w sumie ok. 18 mln wiernych. Jednocześnie do kompetencji tej dykasterii należą sprawy Kościoła łacińskiego na Bliskim Wschodzie oraz w niektórych krajach europejskich, np. w Grecji i Bułgarii. Podsekretarzem Kongregacji dla Kościołów Wschodnich jest Polak, ks. prał. Krzysztof Nitkiewicz z archidiecezji białostockiej.
Następcą abp Sandriego Ojciec Święty mianował dotychczasowego nuncjusza apostolskiego na Filipinach, abp. Fernando Filoniego. Jest on Włochem, ma 61 lat i przez ponad ćwierć wieku pracował w dyplomacji watykańskiej. W roku 2001 został nuncjuszem apostolskim w Iraku i Jordanii. Jako jedyny dyplomata zachodni pozostał w Bagdadzie także w marcu 2003 r., podczas działań wojennych. Abp Filoni przez długi okres będąc radcą kulturalnym nuncjatury na Filipinach z terytorium Hongkongu, obserwował sytuację Kościoła w Chinach. Zadaniem sekcji spraw ogólnych Sekretariatu Stanu, powierzonej pieczy abp. Filoniego, jest załatwianie spraw związanych z bieżącą działalnością Ojca Świętego zarówno w tym, co dotyczy kierowania Kościołem powszechnym, jak i kontaktów z dykasteriami Kurii Rzymskiej. Jego rolę niektórzy porównują do funkcji wicepremiera.