Zmiany zaszły również w budynku, w którym nadal trwają prace konserwatorskie. W grudniu zakończony został kolejny ich etap.
Kościół
Widoczne na pierwszy rzut oka są zmiany w kościele. Gotyckie przejście z nawy na wirydarz zostało na powrót odsłonięte. Zdobią je polichromie, o których na razie niewiele wiadomo: być może są po prostu szkicem, którego nikt nigdy nie dokończył. W kościele ukończono prace przy restauracji sklepień w głównej nawie. Na ścianach głównej nawy pozostawiono odkryte wcześniej otwory. – Trochę niekorzystnie to wygląda, ale taka była decyzja konserwatorów – tłumaczy o. Grzegorz Suchański OFM Cap. – My o nich wiemy, ale gdyby je wyrównać, przyszłe pokolenia już nie zadawałyby o nie pytań i nie miałyby szansy poznać całej historii tego miejsca.
W planach jest jeszcze wykończenie ołtarza św. Scholastyki oraz wymiana posadzki – w tym roku działa już ogrzewanie podłogowe. Boczna kaplica zaadaptowana jest na kaplicę spowiedzi, jako że sakrament pokuty i pojednania jest szczególnie wpisany w kapucyńską duchowość. Z czasem trzeba ją będzie wyremontować, bo jest szczególnie narażona na wilgoć i przez nią zniszczona. Druga z kaplic po remontach służyć będzie do odprawiania Mszy świętych w dni powszednie zimą – tak, by nie trzeba było w tygodniu ogrzewać całego kościoła. Ojcowie starają się również zdobyć środki na remont elewacji kościoła.
Krypta wschodnia
Najciekawsze jednak zmiany zaszły nie w samym kościele, ale w jego podziemiach. Jedenastowieczna krypta wschodnia zyskała nową posadzkę – poprzednia, wykonana w latach 70-tych z lastrika gromadziła wilgoć. Obecną, wzorowaną na średniowiecznej, wykonał artysta plastyk Dawid Wawrzyniak. W posadzce umieszczono też dwie symboliczne płyty nagrobne pierwszego i ostatniego mogileńskiego opata, Mengoza i o. Emiliana Kosińskiego. Płyty symbolicznie przypominają te dwie postaci, ale to nie znaczy, że nie kryją prawdziwych grobów. – W czasie remontów odkryliśmy wiele kości, zarówno z kryptach, jak i w górnym kościele, przy montowaniu ogrzewania – tłumaczy o. Grzegorz. – Kiedy kładziona była posadzka w krypcie, zrobiono dwie trumienki, złożono tam wszystkie szczątki i pochowano pod symbolicznymi płytami opatów.
W krypcie wschodniej planowane jest również założenie specjalnie zaprojektowanego oświetlenia, które podkreśli urodę historycznych murów.
Krypta zachodnia
Krypta zachodnia, której kształt nie zmieniał się od XI wieku, benedyktyńscy mnisi odbywali prawdopodobnie kapituły, czyli najważniejsze spotkania całej wspólnoty. To w niej właśnie przez lata oglądać można było ślepy korytarz. Opowiadano przy nim legendy o tajemnym przejściu pod jeziorem, choć wiadomo było, że korytarz prowadzi raczej w kierunku klasztornych budynków. W czasie ostatnich prac korytarz przestał być ślepy – wybite zostało przejście z zachodniej krypty prosto do kościoła. W krypcie zachodniej również położona zostanie nowa posadzka. W ten sposób całe krypty odzyskają wkrótce pełen blask.